PDB-5nd0: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-TEDEL-NH2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nd0

タイトル

ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-TEDEL-NH2

要素

5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE
Protein enabled homolog

キーワード

CELL ADHESION / proline-rich motif / ActA / protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / GABA-ergic synapse / filopodium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Barone, M. / Roske, Y.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...

履歴

登録	2017年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年10月26日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nd0.cif.gz	159.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nd0.ent.gz	129.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5nd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5nd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n91C 5n9cC 5n9pC 5najC 5nbfC 5nbxC 5nc2C 5nc7C 5ncfC 5ncgSC 5ncpC 5nduC 5negC 6rcfC 6rcjC 6rd2C 6xvtC 6xxrC 7a5mC 7akiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rd2-1 5naj-3 5nc7-4 5nc2-1 3car-d 5naj-1 2ogb-1 1khy-2 6rd2-2 5d45-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein enabled homolog

B: Protein enabled homolog

C: 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE

F: 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE

ヘテロ分子

28.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein enabled homolog

C: 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Tetramerization of Ena/VASP is mediated by EVH2 domain (Bachmann1999)
14.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein enabled homolog

F: 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.740, 44.243, 34.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein enabled homolog 分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / プラスミド: pGEX-4T-1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N8S7
#2: タンパク質・ペプチド	5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE 分子量: 1208.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化	温度: 300.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.7M ammonium sulfate, 800mM ammonium nitrate / Temp details: incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→42.36 Å / Num. obs: 39592 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 7.69
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 6309 / CC_1/2: 0.518 / R_rim(I) all: 1.044 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NCG

5ncg

解像度: 1.45→42.36 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2049	1980	5 %
R_work	0.1825	-	-
obs	0.1836	39587	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1900	0	31	250	2181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2095
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	2858
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.115	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	295
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4499-1.4861	0.3502	136	0.3394	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4861-1.5263	0.3391	144	0.2975	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5263-1.5712	0.2533	139	0.272	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5712-1.6219	0.2813	141	0.2471	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6219-1.6799	0.2594	141	0.2392	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6799-1.7472	0.233	142	0.2228	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7472-1.8267	0.199	142	0.1945	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8267-1.923	0.2166	141	0.186	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.923-2.0435	0.2131	140	0.1716	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0435-2.2012	0.1963	141	0.1618	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2012-2.4227	0.1881	142	0.169	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4227-2.7732	0.2061	143	0.1665	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7732-3.4937	0.1702	143	0.1627	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4937-42.3779	0.1794	145	0.16	2749	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4599	-3.1141	-0.0885	6.0149	-1.1962	3.4985	-0.0199	-0.0339	-0.0058	0.0272	0.012	-0.0134	0.004	-0.0469	-0.0103	0.0994	-0.0146	-0.0118	0.0898	-0.0099	0.0659	19.4237	24.0052	10.1528
2	8.6275	-2.4677	5.784	6.5137	-5.0693	5.9323	-0.0525	0.1437	-0.5154	0.1602	-0.0369	-0.1389	0.3166	0.5107	0.0714	0.1638	0.0457	0.0376	0.1329	0.0108	0.1586	27.2926	16.8841	9.969
3	7.6407	-0.4659	-4.2242	1.7252	0.6821	3.7922	0.0421	0.2504	0.2018	-0.0056	0.0206	0.0894	0.0138	-0.3057	-0.0099	0.142	-0.0096	0.0096	0.131	0.018	0.0852	10.7939	27.219	7.5871
4	3.1608	0.1592	-0.6251	1.8963	-0.4258	3.7245	-0.0283	0.0267	0.0659	0.0613	-0.0141	0.0044	-0.0813	-0.1173	0.0274	0.1282	0.0229	0.0133	0.0375	0.0189	0.1051	17.058	25.3152	12.2422
5	3.2796	0.7551	-1.5335	3.3167	-0.6946	2.5618	0.0107	0.0749	-0.0111	0.1673	-0.0179	0.0246	-0.0686	-0.0894	-0.0195	0.1521	-0.0091	0.004	0.0933	0.0089	0.0799	16.8119	27.4632	16.737
6	1.7288	1.8994	-0.0994	5.8514	0.145	2.6071	0.0999	-0.1301	-0.0558	0.0944	-0.1172	0.0348	0.1463	-0.2293	0.0618	0.1015	-0.0093	0.0122	0.115	0.0003	0.0729	19.8631	47.1644	-1.6992
7	8.1415	4.1508	-2.2586	2.1774	-1.3638	1.6181	0.1961	-0.4442	0.0992	0.059	-0.2652	-0.0735	-0.2606	0.4685	-0.028	0.2205	-0.0531	-0.0119	0.1463	-0.0053	0.159	29.6533	58.9679	0.761
8	4.2434	0.5854	4.4085	2.0564	0.9044	7.4802	0.1335	-0.182	0.0002	0.0329	-0.114	0.1924	0.1473	-0.4709	0.0059	0.1236	-0.0147	0.0152	0.137	0.0088	0.1033	12.8364	46.7727	-3.222
9	3.1625	0.1003	-0.1572	1.9944	0.2043	2.89	-0.0209	-0.0233	-0.0331	-0.0257	0.0085	0.0031	-0.0205	-0.1103	-0.0083	0.131	-0.0325	-0.0011	0.0459	0.009	0.1015	20.302	48.8597	-4.6209
10	2.126	0.1369	0.9066	3.0754	-0.6678	2.9326	-0.0314	-0.0008	-0.0247	-0.1622	-0.0004	-0.0546	0.0152	-0.0429	-0.0062	0.134	-0.002	0.007	0.086	0.0138	0.0869	22.2111	46.4828	-9.0021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 76 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 17 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 18 through 28 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 29 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 77 through 111 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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