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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5naj | ||||||
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Title | ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-[ProM-1]-[ProM-1]-OH | ||||||
![]() | Protein enabled homolog | ||||||
![]() | CELL ADHESION / proline-rich motif / Ena/VASP inhibitor / actin / protein-protein interaction | ||||||
Function / homology | ![]() actin polymerization-dependent cell motility / WW domain binding / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / Generation of second messenger molecules / filopodium / axon guidance / SH3 domain binding / lamellipodium ...actin polymerization-dependent cell motility / WW domain binding / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / Generation of second messenger molecules / filopodium / axon guidance / SH3 domain binding / lamellipodium / cell junction / actin binding / cytoskeleton / focal adhesion / synapse / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barone, M. / Roske, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells. Authors: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...Authors: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, Y. / Schmieder, P. / Volkmer, R. / Nazare, M. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Ten Dijke, P. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R. #1: ![]() Title: A modular toolkit to inhibit proline-rich motif-mediated protein-protein interactions. Authors: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / ...Authors: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / Oschkinat, H. / Schmalz, H.G. / Kuehne, R. | ||||||
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Related structure data | ![]() 5n91C ![]() 5n9cSC ![]() 5n9pC ![]() 5nbfC ![]() 5nbxC ![]() 5nc2C ![]() 5nc7C ![]() 5ncfC ![]() 5ncgC ![]() 5ncpC ![]() 5nd0C ![]() 5nduC ![]() 5negC ![]() 6rcfC ![]() 6rcjC ![]() 6rd2C ![]() 6xvtC ![]() 6xxrC ![]() 7a5mC ![]() 7akiC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 12628.273 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Mismatch of S2A: only backbone of N-terminus was resolved and modelled Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q8N8S7 |
---|
-Non-polymers , 5 types, 273 molecules ![](data/chem/img/8SE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/8SB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/8SB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-8SE / ( #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-8SB / ( | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 2.2M ammonium sulfate, 200mM ammonium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918409 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.46→44.6 Å / Num. obs: 81310 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.79 |
Reflection shell | Resolution: 1.46→1.55 Å / Redundancy: 5.5 % / CC1/2: 0.621 / Rrim(I) all: 1.01 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5N9C Resolution: 1.46→40.383 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.46→40.383 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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