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- PDB-7a5m: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-17]-OMe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a5m
タイトルENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-17]-OMe
要素
  • Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-17]-OMe
  • Protein enabled homolog
キーワードCELL INVASION / proline-rich motif / Ena/VASP inhibitor / actin / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse ...postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse / SH3 domain binding / lamellipodium / actin binding / cytoskeleton / postsynapse / focal adhesion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Protein enabled homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.78 Å
データ登録者Barone, M. / Roske, Y.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research16GW0186K ドイツ
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, Y. / Schmieder, P. / Volkmer, R. / Nazare, M. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Ten Dijke, P. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: A modular toolkit to inhibit proline-rich motif-mediated protein-protein interactions.
著者: Opitz, R. / Muller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / ...著者: Opitz, R. / Muller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / Oschkinat, H. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R.
履歴
登録2020年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.52022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年8月16日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein enabled homolog
B: Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-17]-OMe
C: Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-17]-OMe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1034
ポリマ－14,0413
非ポリマー621
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Runs as monomer on a size exclusion column.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.150, 61.360, 88.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-431-

HOH

31A-433-

HOH

41B-101-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein enabled homolog


分子量: 12628.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N8S7
#2: タンパク質・ペプチド Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-17]-OMe


分子量: 706.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.51 %
結晶化温度: 300.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.90M ammonium sulfate, 360mM ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.78→30.68 Å / Num. obs: 106735 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 9.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 23.08
反射 シェル解像度: 0.78→0.85 Å / 冗長度: 16 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 23284 / CC1/2: 0.539 / Rrim(I) all: 2.81 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NCG

5ncg


解像度: 0.78→17.97 Å / SU ML: 0.1062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 16.961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14 10302 5 %random
Rwork0.1192 195866 --
obs0.1202 106735 97.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.78→17.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数883 0 106 166 1155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02171488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.37652073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3114211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0156274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6091702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.78-0.790.39633330.38496280X-RAY DIFFRACTION93.31
0.79-0.80.363320.37876277X-RAY DIFFRACTION93.39
0.8-0.810.48353150.47355918X-RAY DIFFRACTION89.06
0.81-0.820.37043330.37086365X-RAY DIFFRACTION94.19
0.82-0.830.34853370.36066287X-RAY DIFFRACTION94.55
0.83-0.840.32553380.30396417X-RAY DIFFRACTION94.89
0.84-0.850.26373300.2726322X-RAY DIFFRACTION95.16
0.85-0.860.28813390.2526442X-RAY DIFFRACTION95.63
0.86-0.880.22063350.2146433X-RAY DIFFRACTION95.88
0.88-0.890.21913460.19666473X-RAY DIFFRACTION96.63
0.89-0.910.1963420.18426540X-RAY DIFFRACTION97.19
0.91-0.920.18153450.16736523X-RAY DIFFRACTION97.27
0.92-0.940.16163420.15336469X-RAY DIFFRACTION97.59
0.94-0.960.1723460.14746572X-RAY DIFFRACTION97.79
0.96-0.980.15493430.13116621X-RAY DIFFRACTION98.06
0.98-1.010.12683480.12086579X-RAY DIFFRACTION98.28
1.01-1.030.12133500.10746571X-RAY DIFFRACTION98.41
1.03-1.060.1293430.09826607X-RAY DIFFRACTION98.65
1.06-1.090.10383480.09046619X-RAY DIFFRACTION98.89
1.09-1.120.1223440.08676658X-RAY DIFFRACTION99.04
1.12-1.170.08613480.08236645X-RAY DIFFRACTION99.3
1.17-1.210.10443540.08456699X-RAY DIFFRACTION99.46
1.21-1.270.10193500.09056668X-RAY DIFFRACTION99.57
1.27-1.330.12763470.09536676X-RAY DIFFRACTION99.7
1.33-1.420.10493520.09456722X-RAY DIFFRACTION99.86
1.42-1.530.11483510.09776682X-RAY DIFFRACTION99.97
1.53-1.680.12193550.09976723X-RAY DIFFRACTION99.97
1.68-1.920.11453550.1126660X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.420.14443460.11356702X-RAY DIFFRACTION100
2.42-17.970.15353550.12336716X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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