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万見
- PDB-2h66: The Crystal Structure of Plasmodium Vivax 2-Cys peroxiredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h66
タイトルThe Crystal Structure of Plasmodium Vivax 2-Cys peroxiredoxin
要素PV-PF14_0368
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS/OXIDOREDUCTASE / plasmodium / vivax / peroxiredoxin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / STRUCTURAL GENOMICS-OXIDOREDUCTASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Cys peroxiredoxin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Melone, M. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Wernimont, A.K. / Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Melone, M. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Artz, J.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2006年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Currently, there is no aminoacid sequence database reference available for the protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PV-PF14_0368
B: PV-PF14_0368
C: PV-PF14_0368
D: PV-PF14_0368
E: PV-PF14_0368
F: PV-PF14_0368
G: PV-PF14_0368
H: PV-PF14_0368
I: PV-PF14_0368
J: PV-PF14_0368


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,32110
ポリマ－237,32110
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20520 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area66780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.550, 149.590, 131.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a pentagonal ring of dimers, as seen in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
PV-PF14_0368


分子量: 23732.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
プラスミド: pET28 LIC/TEV DER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus/RIL / 参照: UniProt: A5K421
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 5% PEG 4000, 50 mM NaAc, 100 mM NaAC, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→41.56 Å / Num. all: 91258 / Num. obs: 86441 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.48→2.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 5688 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QMV

1qmv


解像度: 2.5→41.56 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23205 4302 -RANDOM
Rwork0.1944 ---
all0.1963 86715 --
obs0.1963 82137 94.72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.3 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13294 0 0 154 13448
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 264 -
Rwork0.304 --
obs-5347 84.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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