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- PDB-2ayv: Crystal structure of a putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ayv
タイトルCrystal structure of a putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 from Toxoplasma gondii
要素ubiquitin-conjugating enzyme E2
キーワードLIGASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / ubiquitin / ubiquitin-conjugating enzyme / SGC
機能・相同性Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Roll / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Tempel, W. / Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Alam, Z. / Melone, M. / Wasney, G. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C. ...Tempel, W. / Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Alam, Z. / Melone, M. / Wasney, G. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2005年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 42MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W. ...MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W.DAVIS,J.M.WORD URL : HTTP://KINEMAGE.BIOCHEM.DUKE.EDU/MOLPROBITY/ AUTHORS : J.S.RICHARDSON,W.B.ARENDALL,D.C.RICHARDSON REFERENCE : NEW TOOLS AND DATA FOR IMPROVING : STRUCTURES, USING ALL-ATOM CONTACTS : METHODS IN ENZYMOLOGY. 2003;374:385-412. MOLPROBITY OUTPUT SCORES: ALL-ATOM CLASHSCORE : 7.37 (7.62 B<40) BAD ROTAMERS : 3.4% 4/119 (TARGET 0-1%) RAMACHANDRAN OUTLIERS : 0.0% 0/146 (TARGET 0.2%) RAMACHANDRAN FAVORED : 97.3% 142/146 (TARGET 98.0%)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ubiquitin-conjugating enzyme E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,81511
ポリマ－18,8151
非ポリマー010
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.553, 85.611, 89.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 ubiquitin-conjugating enzyme E2


分子量: 18815.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
プラスミド: p15TvL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus-RIL / 参照: ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 3.5M sodium formate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 12360 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 1.021
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
2-2.1596.25.40.33123511.11
2.15-2.3799.95.70.19524441.051
2.37-2.711005.80.09224670.9921
2.71-3.421005.90.04124941.0351
3.42-2099.95.80.02526040.9411

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.45 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.578
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X23

1x23


解像度: 2.001→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.275 / WRfactor Rwork: 0.26 / SU B: 12.897 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.165
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 597 4.83 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
all0.228 ---
obs-12359 99.333 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.822 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.984 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----2.374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1132 0 10 16 1158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9521614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.155147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31924.70651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40215163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.024153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4532768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.30331216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8692477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6663398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.001-2.0520.434380.32778088192.849
2.052-2.1080.366440.29482488098.636
2.108-2.1680.252530.28478984599.645
2.168-2.2340.374370.25679983899.761
2.234-2.3060.27380.246766804100
2.306-2.3860.258380.264747785100
2.386-2.4750.337330.242706739100
2.475-2.5740.376350.247696731100
2.574-2.6870.245340.239665699100
2.687-2.8150.22250.254646671100
2.815-2.9640.229260.246608634100
2.964-3.140.306320.247583615100
3.14-3.3510.283310.236537568100
3.351-3.6110.255230.223522545100
3.611-3.9430.269310.19745949199.796
3.943-4.3870.244210.182443464100
4.387-5.0250.165150.181388403100
5.025-6.060.244260.235336362100
6.06-8.2020.194110.234279290100
8.202-200.19360.18718919798.985
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.7452 Å / Origin y: 69.7416 Å / Origin z: 76.6636 Å
111213212223313233
T-0.1077 Å2-0.1219 Å20.0981 Å2--0.1769 Å2-0.1497 Å2---0.183 Å2
L4.1505 °2-2.1059 °2-2.2984 °2-4.1878 °24.0579 °2--5.2692 °2
S-0.4043 Å °0.4837 Å °-0.5425 Å °0.1864 Å °-0.3192 Å °0.6788 Å °0.3349 Å °-0.7749 Å °0.7234 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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