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- PDB-5xxh: Crystal Structure Analysis of the CBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xxh
タイトルCrystal Structure Analysis of the CBP
要素CREB-binding protein
キーワードTRANSFERASE / CBP / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / embryonic digit morphogenesis / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / homeostatic process / histone acetyltransferase complex / Attenuation phase / cAMP/PKA signal transduction / protein-lysine-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / canonical NF-kappaB signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / cellular response to nutrient levels / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / chromatin DNA binding / positive regulation of protein localization to nucleus / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Evasion by RSV of host interferon responses / protein destabilization / Pre-NOTCH Transcription and Translation / tau protein binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription coactivator binding / p53 binding / cellular response to UV / transcription corepressor activity / rhythmic process / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / protein-containing complex assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to hypoxia / transcription coactivator activity / nuclear body / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E0D / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Xiang, Q. / Zhang, Y. / Wang, C. / Song, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Discovery and optimization of 1-(1H-indol-1-yl)ethanone derivatives as CBP/EP300 bromodomain inhibitors for the treatment of castration-resistant prostate cancer.
著者: Xiang, Q. / Wang, C. / Zhang, Y. / Xue, X. / Song, M. / Zhang, C. / Li, C. / Wu, C. / Li, K. / Hui, X. / Zhou, Y. / Smaill, J.B. / Patterson, A.V. / Wu, D. / Ding, K. / Xu, Y.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns_shell / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Occupancy of atoms on special symmetry positions / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3064
ポリマ－15,8911
非ポリマー4153
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.320, 44.320, 121.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 15891.296 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1081-1197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-E0D / (3S)-1-[2-(3-ethanoylindol-1-yl)ethanoyl]piperidine-3-carboxylic acid


分子量: 328.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris HCl, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→60.65 Å / Num. obs: 18496 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 22.2 / Num. measured all: 322175 / Scaling rejects: 291
反射 シェル解像度: 1.62→1.64 Å / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Num. measured all: 16584 / Num. unique obs: 894 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.344 / Net I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NYX

4nyx


解像度: 1.62→40.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 1.43 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 859 4.7 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 17589 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.9 Å2 / Biso mean: 17.71 Å2 / Biso min: 9.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.04 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→40.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数973 0 29 122 1124
Biso mean--16.64 24.51 -
残基数----117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021038
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.332.0031408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9573.0062257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1565118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.92924.4949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12815181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.264156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 57 -
Rwork0.213 1271 -
all-1328 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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