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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hjr | ||||||
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Title | Crystal Structure of Cryptosporidium parvum malate dehydrogenase | ||||||
![]() | Malate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / malate dehydrogenase / malaria / Cryptosporidium parvum / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | ![]() carboxylic acid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wernimont, A.K. / Dong, A. / Lew, J. / Hassani, A. / Ren, H. / Qiu, W. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Dong, A. / Lew, J. / Hassani, A. / Ren, H. / Qiu, W. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. Authors: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...Authors: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 723 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 596.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 155.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 202 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1txjC ![]() 1xccC ![]() 1y6zC ![]() 1z6gC ![]() 1z7dC ![]() 1z81C ![]() 1zo2C ![]() 2a22C ![]() 2a4aC ![]() 2aifC ![]() 2amxC ![]() 2aqwC ![]() 2av4C ![]() 2awpC ![]() 2ayvC ![]() 2b71C ![]() 2bddC ![]() 2f4zC ![]() 2fdsC ![]() 2ffcC ![]() 2fo3C ![]() 2fu0C ![]() 2ghiC ![]() 2h1rC ![]() 2h2yC ![]() 2h66C ![]() 2hteC ![]() 2hvgC ![]() 3pggC ![]() 3tb2C ![]() 1guyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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15 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 13 - 324 / Label seq-ID: 13 - 324
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Details | Biological assembly is a dimer, can be made of monomers A and B |
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Components
#1: Protein | Mass: 35113.645 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: adjacent gene encodes predicted lactate dehydrogenase Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CIT / #3: Chemical | ChemComp-APR / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 15% PEG4K, 0.2M NH4oAC, Nacitrate pH 5.6, 15% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 25, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. all: 227472 / Num. obs: 227351 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 1.911 / Num. unique all: 22734 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1GUY Resolution: 2.2→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.099 / SU ML: 0.155 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.206 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.344 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.83 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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