+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hjr | ||||||
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Title | Crystal Structure of Cryptosporidium parvum malate dehydrogenase | ||||||
Components | Malate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / malate dehydrogenase / malaria / Cryptosporidium parvum / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / carboxylic acid metabolic process / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cryptosporidium parvum (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Wernimont, A.K. / Dong, A. / Lew, J. / Hassani, A. / Ren, H. / Qiu, W. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Dong, A. / Lew, J. / Hassani, A. / Ren, H. / Qiu, W. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Mol.Biochem.Parasitol. / Year: 2007 Title: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. Authors: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...Authors: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2hjr.cif.gz | 723 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2hjr.ent.gz | 596.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2hjr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hjr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1txjC 1xccC 1y6zC 1z6gC 1z7dC 1z81C 1zo2C 2a22C 2a4aC 2aifC 2amxC 2aqwC 2av4C 2awpC 2ayvC 2b71C 2bddC 2f4zC 2fdsC 2ffcC 2fo3C 2fu0C 2ghiC 2h1rC 2h2yC 2h66C 2hteC 2hvgC 3pggC 3tb2C 1guyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 13 - 324 / Label seq-ID: 13 - 324
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Details | Biological assembly is a dimer, can be made of monomers A and B |
-Components
#1: Protein | Mass: 35113.645 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: adjacent gene encodes predicted lactate dehydrogenase Source: (gene. exp.) Cryptosporidium parvum (eukaryote) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5CYZ3 #2: Chemical | ChemComp-CIT / #3: Chemical | ChemComp-APR / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 15% PEG4K, 0.2M NH4oAC, Nacitrate pH 5.6, 15% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 25, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. all: 227472 / Num. obs: 227351 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 1.911 / Num. unique all: 22734 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1GUY Resolution: 2.2→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.099 / SU ML: 0.155 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.206 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.344 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.83 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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