+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l0u | ||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium vivax Prx1a | ||||||
Components | 2-Cys peroxiredoxin, putative | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / PEROXIREDOXIN / DISULFIDE / ANTIOXIDANT / MALARIA PARASITE | ||||||
Function / homology | Function and homology information thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium vivax Sal-1 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Gretes, M.C. / Karplus, P.A. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2013 Title: Observed octameric assembly of a Plasmodium yoelii peroxiredoxin can be explained by the replacement of native "ball-and-socket" interacting residues by an affinity tag. Authors: Gretes, M.C. / Karplus, P.A. #1: Journal: Mol.Biochem.Parasitol. / Year: 2007 Title: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. Authors: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...Authors: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R. | ||||||
History |
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Remark 0 | THIS ENTRY 4L0U REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2h66SF ... THIS ENTRY 4L0U REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2h66SF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2h66: A.K.WERNIMONT,A.DONG,Y.ZHAO,J.LEW,M.MELONE,I.KOZIERADZKI, J.WEIGELT,M.SUNDSTROM,A.M.EDWARDS,C.H.ARROWSMITH, A.BOCHKAREV,R.HUI,J.D.ARTZ,STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4l0u.cif.gz | 677.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4l0u.ent.gz | 565.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4l0u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l0u | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4l0wC 2h66S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Typical of Prx1 family enzymes, the decamer is comprised of 5 B-type dimers, associated at A-interfaces, i.e. (a2)5. |
-Components
#1: Protein | Mass: 23732.133 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium vivax Sal-1 (eukaryote) / Strain: SaI-1 / Gene: PVX_118545 / Plasmid: PET28 LIC/TEV DER / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21CODONPLUS/RIL / References: UniProt: A5K421, peroxiredoxin #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / pH: 4.6 Details: 1.5 uL of 8 mg/mL protein in 10 mM HEPES pH 7.5 500 mM NaCl + 1.5 uL reservoir solution 5% PEG 4000, 50 mM NaAc, 100 mM NaAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 20, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→41.56 Å / Num. obs: 86441 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 57.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.53 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2H66 Resolution: 2.5→40.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 54.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.337 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→40.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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