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Yorodumi- PDB-4fh8: Crystal Structure of Peroxiredoxin-1 from the human hookworm Ancy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fh8 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Peroxiredoxin-1 from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum | ||||||
Components | AcePrx-1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / 2-cys peroxiredoxin | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Ancylostoma ceylanicum (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11 Å | ||||||
Authors | Nguyen, J.B. / Modis, Y. | ||||||
Citation | Journal: Chem.Biol. / Year: 2013 Title: Peroxiredoxin-1 from the Human Hookworm Ancylostoma ceylanicum Forms a Stable Oxidized Decamer and Is Covalently Inhibited by Conoidin A. Authors: Nguyen, J.B. / Pool, C.D. / Wong, C.Y. / Treger, R.S. / Williams, D.L. / Cappello, M. / Lea, W.A. / Simeonov, A. / Vermeire, J.J. / Modis, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fh8.cif.gz | 670.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fh8.ent.gz | 558.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fh8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fh8_validation.pdf.gz | 497.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4fh8_full_validation.pdf.gz | 505.7 KB | Display | |
Data in XML | 4fh8_validation.xml.gz | 61.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4fh8_validation.cif.gz | 85.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fh8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4kw6C 1qmvS 4fh9 S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22998.312 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ancylostoma ceylanicum (invertebrata) / Plasmid: pET16b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J7HJM3*PLUS, peroxiredoxin #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 6-8% PEG3350, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 29, 2012 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.11→46.55 Å / Num. all: 144443 / Num. obs: 144094 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 39.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 20.63 |
Reflection shell | Resolution: 2.11→2.15 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 95.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1QMV Resolution: 2.11→46.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 10.618 / SU ML: 0.126 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.147 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT' U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.669 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→46.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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