PDB-4fh8: Crystal Structure of Peroxiredoxin-1 from the human hookworm Ancy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fh8

タイトル

Crystal Structure of Peroxiredoxin-1 from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum

要素

AcePrx-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 2-cys peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin /

peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Nguyen, J.B. / Modis, Y.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Peroxiredoxin-1 from the Human Hookworm Ancylostoma ceylanicum Forms a Stable Oxidized Decamer and Is Covalently Inhibited by Conoidin A.
著者: Nguyen, J.B. / Pool, C.D. / Wong, C.Y. / Treger, R.S. / Williams, D.L. / Cappello, M. / Lea, W.A. / Simeonov, A. / Vermeire, J.J. / Modis, Y.

履歴

登録	2012年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fh8.cif.gz	670.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fh8.ent.gz	558.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kw6C 1qmvS 3tjb 4fh9 PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tjb-1 4kw6-1 3tjj-1 3tjg-1 4l0u-d 5ept-d 6j13-2 6e0g-d 6utl-d 3vwu-d 4rqx-1 1we0-d 1yf1-3 3tue-1 1yex-1 1yf0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AcePrx-1

B: AcePrx-1

C: AcePrx-1

D: AcePrx-1

E: AcePrx-1

F: AcePrx-1

G: AcePrx-1

H: AcePrx-1

I: AcePrx-1

J: AcePrx-1

230 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.688, 146.282, 136.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AcePrx-1 / Peroxiredoxin-1 分子量: 22998.312 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫) プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: J7HJM3*PLUS, ペルオキシレドキシン
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 6-8% PEG3350, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月29日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→46.55 Å / Num. all: 144443 / Num. obs: 144094 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 39.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 20.63
反射シェル	解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QMV

1qmv

解像度: 2.11→46.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 10.618 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT' U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21364	7228	5 %	RANDOM
R_work	0.19459	-	-	-
obs	0.19556	136789	99.71 %	-
all	-	144443	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	-0 Å²	-4.19 Å²
2-	-	-3.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→46.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13404	0	0	605	14009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	13751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.949	1.957	18646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.244	5	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.757	23.981	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.674	15	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.502	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	10458

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	542	-
R_work	0.302	9743	-
obs	-	-	97.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.133	-0.7443	0.2939	1.8074	-0.4029	0.8327	0.0016	-0.0149	-0.0153	-0.0099	-0.0222	0.0087	-0.0877	0.0059	0.0206	0.0707	-0.0177	0.0893	0.1862	-0.0302	0.148	6.5953	36.511	64.9383
2	1.6081	-0.1636	1.0677	1.1252	-0.0554	1.8011	-0.0802	0.1649	0.1084	-0.1064	0.0295	-0.0748	-0.1814	0.2133	0.0506	0.1148	-0.0539	0.0896	0.2353	-0.003	0.1009	9.0941	48.5105	41.6369
3	1.519	0.5397	1.1556	1.5882	0.6657	2.1456	-0.1683	-0.1536	0.203	-0.2194	-0.0289	0.2659	-0.3041	-0.2133	0.1972	0.1287	0.0667	-0.0135	0.185	0.0031	0.119	-19.2984	46.5608	23.1823
4	1.3842	0.992	0.6661	3.215	0.738	1.7926	-0.2034	0.0633	0.0253	-0.501	0.1819	0.0873	-0.2672	0.0799	0.0215	0.2321	-0.0444	0.0114	0.1258	0.0437	0.0609	-16.1131	32.3907	0.9694
5	0.784	0.3437	0.3774	3.3362	0.1141	1.1586	-0.0892	0.0287	0.0925	-0.1791	0.0192	0.4536	-0.003	-0.0585	0.07	0.1211	-0.0184	-0.008	0.1304	-0.0082	0.1821	-32.0842	2.6509	0.8616
6	1.0165	-0.5355	0.4659	2.1804	-0.385	1.3218	0.0323	0.1032	-0.0235	-0.0905	0.0699	0.0331	0.0161	0.1114	-0.1023	0.1321	0.0052	0.0234	0.1943	-0.0298	0.071	-14.841	-17.7491	0.8299
7	1.292	-0.2677	0.7751	1.3491	-0.346	2.3182	0.0642	-0.0963	-0.103	-0.1604	0.0534	0.2193	0.1938	-0.1299	-0.1176	0.1043	0.0072	0.0251	0.1784	0.0097	0.1258	-13.0093	-35.0734	29.5013
8	1.0703	0.2231	0.9774	0.9644	0.3127	2.5552	0.0567	0.0528	-0.1051	-0.1305	0.0232	-0.1334	0.0745	0.1107	-0.0798	0.0834	0.0489	0.0772	0.1567	-0.0202	0.1617	10.8922	-32.6327	41.0893
9	0.9308	0.2383	0.2998	3.1963	0.5692	1.2238	0.0705	-0.0965	-0.0021	0.1771	-0.0228	-0.1456	0.0566	-0.073	-0.0477	0.0505	-0.0188	0.0459	0.1679	0.0165	0.1465	10.7086	-13.685	69.1868
10	0.9094	-0.0831	0.1086	3.2664	0.105	0.9237	-0.0021	0.0055	-0.013	0.0516	-0.0272	-0.5676	0.0181	0.0609	0.0293	0.0186	-0.0003	0.0486	0.1326	0.0127	0.286	25.3711	8.3094	67.5752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 170
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 167
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	0 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	0 - 169

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