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- PDB-5ept: Crystal Structure of S. cerevisiae TSA2 in the disulfide state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ept
タイトルCrystal Structure of S. cerevisiae TSA2 in the disulfide state
要素Peroxiredoxin TSA2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / Peroxidase / Oxidative Stress
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Neutrophil degranulation / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / protein folding / cellular response to heat ...TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Neutrophil degranulation / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / protein folding / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / protein stabilization / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin TSA2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5 Å
データ登録者Nielsen, M.H. / Kidmose, R.T. / Jenner, L.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structure of TSA2 reveals novel features of the active-site loop of peroxiredoxins.
著者: Nielsen, M.H. / Kidmose, R.T. / Jenner, L.B.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Peroxiredoxin TSA2
B: Peroxiredoxin TSA2
C: Peroxiredoxin TSA2
A: Peroxiredoxin TSA2
G: Peroxiredoxin TSA2
I: Peroxiredoxin TSA2
D: Peroxiredoxin TSA2
E: Peroxiredoxin TSA2
J: Peroxiredoxin TSA2
F: Peroxiredoxin TSA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,12510
ポリマ－242,12510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17520 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area77480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.460, 167.210, 221.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin TSA2 / Cytoplasmic thiol peroxidase 2 / cTPx 2 / Thiol-specific antioxidant protein 2 / Thioredoxin peroxidase 2


分子量: 24212.541 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TSA2, YDR453C, D9461.38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04120, peroxiredoxin
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 6% (w/v) PEG20K, 0.2 M MgCl2, 0.1M NaCitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→46.4 Å / Num. obs: 13476 / % possible obs: 50.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 195.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 13.98 / Num. measured all: 13476
反射 シェル
解像度 (Å)Num. measured obsNum. possibleNum. unique obsDiffraction-IDRejects% possible all
5-5.2391897391099.9
4.12-4.2493189793104.9
4.24-4.361591855159108.6
4.36-4.4922017652201012.5
4.49-4.6430117753011017
4.64-4.838216473821023.2
4.8-4.9848816204881030.1
4.98-5.1965115846511041.1
5.19-5.4284614928461056.7
5.42-5.681005145810051068.9
5.68-5.991109137011091080.9
5.99-6.351222129812221094.1
6.35-6.7912311231123110100
6.79-7.3411541154115410100
7.34-8.0410661066106610100
8.04-8.9896496496410100
8.98-10.3788788788710100
10.37-12.7172772772710100
12.71-17.9759259259210100
17.97-46.43403623401093.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DVB

5dvb


解像度: 5→46.351 Å / SU ML: 0.79 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 48.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3748 1171 10.04 %
Rwork0.2737 10488 -
obs0.284 11659 83.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 609.03 Å2 / Biso mean: 350.0008 Å2 / Biso min: 214.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 5→46.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13616 0 0 0 13616
残基数----1743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12918869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1328498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
5.0002-5.22750.4004740.322666473843
5.2275-5.50270.48171020.3087915101760
5.5027-5.84680.43031290.3381148127774
5.8468-6.29720.41471550.36011377153289
6.2972-6.92910.42131740.334315641738100
6.9291-7.92740.41181740.33461563173799
7.9274-9.97130.33471760.257815791755100
9.9713-46.35290.35371870.22691678186599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17791.3119-3.30971.4661-0.00244.6113-0.1562.6491-0.0727-0.39150.41530.5661-3.3058-3.28440.73050.1905-0.1320.38476.3022-0.54673.607249.3539-39.3019-20.519
22.1368-2.7292-0.9559.01757.33866.88221.9777-2.1178-0.01324.34520.34721.96721.75741.56920.9954-1.2105-1.94922.05332.260.37492.823764.1102-43.6059-20.8484
38.10631.9665-4.59132.25182.29139.2654-0.2436-2.34393.6764-0.17340.29572.04610.12153.3368-0.22624.02180.31880.21393.67630.16263.473470.7755-49.1798-25.8789
43.5798-1.6926-0.42594.9663-1.58082.9805-2.2094-0.8923-0.36580.81690.4841-0.5491-2.4663-2.34290.89682.844-0.3671-0.35473.05610.47752.889157.8064-33.3919-17.5088
54.7878-4.4653-2.97274.77581.78665.3556-1.4171-2.3796-3.5031-1.21531.13321.92443.59463.32861.15244.79941.8438-1.29254.32080.36383.816253.7809-45.1393-1.9889
65.09565.06491.32987.02331.07051.3827-2.46882.79014.66541.57571.6587-1.78022.48922.84081.21314.34462.1054-0.43786.1018-0.40022.873553.3952-44.40227.6378
76.72111.3799-4.59073.0372.37236.2764-0.8472-3.291-1.01473.4859-1.875-2.72260.30541.40561.32743.80580.04330.22252.5360.48253.638712.60119.8574-51.6475
88.91943.1227-4.10447.74492.90836.5134-0.29410.01360.1879-1.09861.79742.22490.3288-0.16720.33522.94770.4625-1.32913.85430.64174.084512.638318.3544-60.986
93.2353-2.61774.15182.4737-3.84726.0033-4.0999-10.58881.82097.04312.18970.6742-8.70142.22491.2747.51051.6126-0.13596.1785-0.43022.66026.991226.6503-51.0196
101.6881-2.7038-2.69912.6533-3.8715.6334-0.12631.37790.1685-1.72640.01811.1567-3.42251.71650.56753.32880.5162-0.26133.53180.2432.911618.642614.4364-60.7216
113.5136-0.69310.69049.0547-5.45573.04841.79811.02440.61020.9673-1.9185-0.2385-2.49961.4170.32954.9520.7349-0.18393.73330.10522.913817.910335.661-31.2702
121.11712.5758-2.03657.9261-7.80158.4928.04267.991610.9267-8.88781.69770.09767.4484-8.4131-9.42034.54091.4128-0.3025.95090.65455.165514.32535.3121-46.3583
132.04542.6817-7.59370.5435-1.14532.9601-2.91896.5540.65210.08060.47-2.3601-0.1809-5.04920.5610.24221.73460.28874.8403-0.23681.71156.310340.8517-43.0763
149.662-2.59195.93894.47762.36299.8422-1.3937-0.0792.3942-3.54520.83752.8904-5.2847-0.60880.78164.3717-0.21720.0342.46450.54173.63915.357731.5883-24.4846
158.2262-4.23580.53273.1951.65522.4573-2.3709-1.34471.70012.60832.15450.5052-0.11410.77260.45785.6887-0.3127-0.04662.22960.04733.259944.326210.8159-63.3067
163.40394.316-3.48136.2395-4.75713.8948-1.65681.69931.4155-0.90990.05370.50236.55040.98562.00047.95241.14270.47753.60120.43533.375742.94019.7835-74.1966
177.5202-1.38231.96042.96820.26320.9394-0.3924-1.75570.0546-2.21440.71292.1357-2.12850.4259-0.39974.9821-0.08980.24843.75140.91113.247536.313812.7113-66.5211
186.08492.8401-4.11822.1326-3.14495.32991.75641.3647-0.15344.45441.5469-2.2277-1.30230.792-0.58194.6751-1.1060.37183.0534-0.02523.358461.2864-15.3796-3.4389
192.3294-1.8249-2.20692.37694.06494.29350.9645-0.89850.45321.3189-1.1131-1.2607-1.99241.11720.38432.5879-0.3245-0.82432.33890.24073.318761.796-23.12889.9258
206.7349-2.51794.76986.2769-2.30373.49472.54114.5527-3.4762-2.6806-3.03551.14674.35980.90530.77891.1147-2.7319-1.59740.5669-0.72634.21566.2845-28.9069-4.0306
211.90418.52297.50615.45414.14494.27521.6394-4.43888.37251.0548-1.3275.8094-3.8752-0.3104-1.37063.80310.28531.03711.64730.32426.034558.931-10.3785-42.7102
221.19451.53461.43624.5941-0.24079.5732-0.8793-0.5585-0.8306-1.61790.1115-0.51830.93450.34191.11682.7508-0.12960.4652.7580.27873.085870.6976-26.5954-43.0087
237.8811-5.8907-1.7565.14810.96413.28683.87161.05170.68210.0271-4.082-2.61391.6713-1.62140.07375.2038-0.62530.44072.9855-0.32953.739967.5229-19.5771-60.1171
248.7584-6.6328-1.81659.7251-3.71645.85361.60385.8827-14.28844.29523.97012.41853.58471.6569-1.67357.6206-1.4304-2.78684.5432-0.09137.348312.057211.571-21.3528
254.2925-2.2572-1.54845.91776.72238.8389-1.04530.81371.8007-0.5614-0.3001-0.4338-0.3253-2.27831.31663.57671.0855-0.14043.48580.32313.04514.47221.1237-7.9058
269.4784-0.52670.81686.23327.65888.96871.32571.26130.4001-2.3461-0.8139-0.3657-2.61720.495-0.83294.2312-0.4578-0.39672.7185-0.09073.079731.830315.75788.9603
275.6122-4.2895-0.91896.1871-2.38945.4708-1.78060.9918-0.32561.28490.66930.4342-0.1118-1.69342.37116.0273-0.08490.03992.7081-0.35572.923224.590518.14714.9065
285.83890.1808-1.8420.85682.50363.843-3.8372-1.11050.2723-1.63381.6987-1.0514-1.9565-1.4041.8375.59720.37460.69022.4830.11952.674835.08955.321217.5097
292.01075.20192.51754.4103-2.31838.2447-2.93321.33023.04117.01070.71198.2777-4.81352.34631.3599.3157-0.7974-0.04773.9352-0.03455.27744.56-20.6325-47.1614
305.3311-2.2506-2.42885.40211.58713.35940.6631-0.56231.08672.12170.07170.8424-2.07480.2161-0.19854.96180.6276-0.05272.7436-0.16932.485947.2851-19.0142-67.0397
313.4071-2.21620.24211.12870.71944.94183.59053.9644-2.82432.9945-3.9204-1.9025-1.4876-3.1954-1.17044.2264-0.15750.25184.4202-1.32114.184556.9542-31.7458-59.6999
324.11676.4448-4.23162.0034-5.6795.4375-0.4287.175-7.8043-5.34822.60180.3994.3945-2.4729-1.22335.3209-0.1954-1.53134.4104-0.9623.464427.2332-7.30761.0323
336.4641-6.44143.55278.5327-2.50930.6634-0.9335-1.0064-0.5367-1.28070.8454-0.4379-1.90380.118-0.18963.7010.08630.06093.2313-0.33352.257933.6866-13.764317.7967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid -3 through 38 )H0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 39 through 84 )H0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 85 through 98 )H0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 99 through 148 )H0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 149 through 165 )H0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 166 through 174 )H0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -1 through 26 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 27 through 76 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 77 through 85 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 86 through 171 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid -3 through 76 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 77 through 85 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 86 through 98 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 99 through 168 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid -3 through 49 )A0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 50 through 85 )A0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 86 through 171 )A0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid -3 through 20 )G0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 21 through 112 )G0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 113 through 171 )G0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid -3 through 6 )I0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 7 through 134 )I0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 135 through 173 )I0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid -3 through 6 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 7 through 166 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid -3 through 49 )E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 50 through 112 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 113 through 174 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'J' and (resid -3 through 6 )J0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resid 7 through 134 )J0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'J' and (resid 135 through 171 )J0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid -3 through 6 )F0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 7 through 166 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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