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- PDB-3tjj: Crystal structure of human peroxiredoxin IV C245A mutant in sulfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tjj
タイトルCrystal structure of human peroxiredoxin IV C245A mutant in sulfenylated form
要素Peroxiredoxin-4
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold / sulfenylation / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


I-kappaB phosphorylation / negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / protein maturation / hydrogen peroxide catabolic process / male gonad development ...I-kappaB phosphorylation / negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / protein maturation / hydrogen peroxide catabolic process / male gonad development / response to oxidative stress / spermatogenesis / secretory granule lumen / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Cao, Z. / Tavender, T.J. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Bulleid, N.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Reduced and of Oxidized Peroxiredoxin IV Enzyme Reveals a Stable Oxidized Decamer and a Non-disulfide-bonded Intermediate in the Catalytic Cycle.
著者: Cao, Z. / Tavender, T.J. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Bulleid, N.J.
履歴
登録2011年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-4
B: Peroxiredoxin-4
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
E: Peroxiredoxin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0975
ポリマ－144,0975
非ポリマー00
水17,943996
1
A: Peroxiredoxin-4
B: Peroxiredoxin-4
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
E: Peroxiredoxin-4

A: Peroxiredoxin-4
B: Peroxiredoxin-4
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
E: Peroxiredoxin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,19410
ポリマ－288,19410
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area16500 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area69110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.746, 140.046, 96.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-4 / Peroxiredoxin IV / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / ...Peroxiredoxin IV / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372


分子量: 28819.428 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 38-271 / 変異: C245A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 10% w/v PEG8000, 8% v/v ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→42.71 Å / Num. all: 103152 / Num. obs: 103152 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 2.08 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 10808 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PN8

2pn8


解像度: 1.91→42.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 6.585 / SU ML: 0.081 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18947 5131 5 %RANDOM
Rwork0.15646 ---
all0.15808 102958 --
obs0.15808 97827 94.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20 Å2-0.8 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→42.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6735 0 0 996 7731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9679811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.951312115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.6855.186914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74923.145337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.061151233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4441553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8211.54313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2211.51746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4627056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11932887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3654.52741
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 406 -
Rwork0.304 7204 -
obs-10808 95.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.387-0.37030.87380.6387-0.13821.6819-0.089-0.03190.1790.0201-0.0294-0.0441-0.17480.12250.11840.0328-0.0413-0.0080.07210.01270.074314.16174.27639.3083
21.0999-0.68540.16112.2827-0.06881.1976-0.0294-0.0294-0.00850.26770.02670.05230.0416-0.14590.00270.0594-0.02710.01610.0747-0.01160.004811.2447-9.573433.252
30.8364-0.5947-0.1023.54110.39230.8108-0.0902-0.0135-0.02930.20570.0679-0.373-0.00610.13020.02240.0484-0.0031-0.00560.02160.00450.079728.8975-38.565733.4121
40.7348-0.0137-0.12271.64970.92782.11030.0596-0.02670.06250.1658-0.0210.0574-0.0201-0.0795-0.03870.08940.02960.02320.05120.03190.032712.4063-60.85735.0655
50.93510.1953-0.03840.88970.4832.92460.00340.1116-0.14680.0971-0.0008-0.0610.2724-0.0299-0.00260.04390.03550.01140.10440.00360.087112.4042-78.87366.334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A76 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2B76 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3C76 - 242
4X-RAY DIFFRACTION4D76 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5E76 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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