PDB-2pn8: Crystal structure of human peroxiredoxin 4 (thioredoxin peroxidase)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pn8

タイトル

Crystal structure of human peroxiredoxin 4 (thioredoxin peroxidase)

要素

Peroxiredoxin-4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PEROXIREDOXIN / THIOREDOXIN / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

I-kappaB phosphorylation / negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / protein maturation / hydrogen peroxide catabolic process / male gonad development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / Cooper, C. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.A. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human peroxiredoxin 4 (thioredoxin peroxidase).
著者: Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / Cooper, C. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.A. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.

履歴

登録	2007年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pn8.cif.gz	433.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pn8.ent.gz	352.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pn8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pn8_validation.pdf.gz	494.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pn8_full_validation.pdf.gz	497.9 KB	表示
XML形式データ	2pn8_validation.xml.gz	88.5 KB	表示
CIF形式データ	2pn8_validation.cif.gz	131.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pn8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qmvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qmv-d 2z9s-d 3tks-1 3tkr-d 3qpm-1 4k1f-1 3sbc-d 3tjf-1 3tkp-1 3tjk-1 7kj1-d 4llr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin-4

B: Peroxiredoxin-4

C: Peroxiredoxin-4

D: Peroxiredoxin-4

E: Peroxiredoxin-4

F: Peroxiredoxin-4

G: Peroxiredoxin-4

H: Peroxiredoxin-4

I: Peroxiredoxin-4

J: Peroxiredoxin-4

240 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.188, 138.776, 108.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peroxiredoxin-4 / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372 / ...Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372 / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 分子量: 24031.199 Da / 分子数: 10 / 断片: Residues 84-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peroxiredoxin-4 / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372 / ...

分子量: 24031.199 Da / 分子数: 10 / 断片: Residues 84-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG 10000, 8% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 255385 / Num. obs: 252831 / % possible obs: 99.01 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 36549 / R_sym value: 0.675 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1QMV

1qmv

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.888 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18454	12684	5 %	RANDOM
R_work	0.15108	-	-	-
all	0.15277	252831	-	-
obs	0.15277	252831	99.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.209 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0 Å²	-0.48 Å²
2-	-	0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15435	0	0	2183	17618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	15888
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.964	21650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	26510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.237	5	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.436	23.611	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.243	15	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.297	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	17746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	11814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	7768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	7894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.126	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.657	3	9962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.789	3	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.438	5	15610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.02	7	6897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.343	11	6012
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	885	-
R_work	0.218	17593	-
obs	-	-	98.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7912	0.1596	0.5431	0.4694	0.1239	0.545	-0.0187	0.0875	0.0763	-0.0748	-0.0183	-0.0127	-0.0865	0.0515	0.0369	-0.0287	-0.0122	0.0351	0.0013	0.0239	-0.0401	6.1988	8.7883	-38.1506
2	0.7707	-0.1982	0.5298	0.4612	-0.1254	0.5081	-0.0245	-0.0776	0.0952	0.0533	-0.0127	-0.0148	-0.098	-0.0388	0.0372	-0.0323	0.0029	0.0281	0.0049	-0.0173	-0.0328	6.0136	9.2876	-16.2977
3	0.5136	0.2424	0.326	0.871	0.2411	0.5815	-0.0029	0.0717	-0.0007	-0.0114	-0.0105	-0.1166	-0.0374	0.0814	0.0134	-0.038	0.0127	0.004	-0.0191	-0.0014	-0.0162	47.7858	3.7002	-62.6353
4	0.6271	0.1664	0.6304	0.4679	0.1517	0.8749	0.0481	-0.0595	-0.0576	0.0631	-0.0069	0.0027	0.076	-0.0991	-0.0412	-0.0196	-0.0089	0.0201	0.0029	0.0116	-0.0516	27.9025	-4.8528	-60.4622
5	0.579	-0.1478	0.6002	0.474	-0.2316	0.7404	0.0527	0.0522	-0.0585	-0.0603	-0.009	0.0157	0.0931	0.0767	-0.0438	-0.0212	-0.0002	0.0127	0.0066	-0.006	-0.0469	11.7492	-3.9044	-99.0171
6	0.5611	-0.1064	0.3492	0.8711	-0.3221	0.4322	0.0045	-0.077	0.029	0.0105	0.001	0.1403	-0.005	-0.055	-0.0055	-0.0509	-0.0224	0.0052	-0.021	0.0042	-0.0018	-7.6643	5.3022	-96.4756
7	0.1662	0.1463	0.0684	1.575	-0.0266	0.1209	0.0065	0.0519	-0.027	-0.2151	-0.0076	-0.0082	0.0146	0.0292	0.0011	0.0273	0.0121	-0.0138	-0.0506	0.0175	-0.0315	-18.2982	-29.0279	-63.0044
8	0.4249	0.2476	0.1411	0.8633	0.2486	0.3017	0.0361	-0.0567	-0.0042	0.015	-0.0332	0.1206	-0.0049	-0.0228	-0.0029	-0.0374	0.0167	-0.0169	-0.0323	0.0149	0.0142	-26.3815	-14.5068	-48.6483
9	0.5553	-0.166	0.1918	0.7944	-0.2788	0.2167	0.0325	0.096	-0.0104	-0.0041	-0.033	-0.1338	0.0089	0.0422	0.0006	-0.0548	-0.011	-0.018	-0.0192	-0.0136	0.023	-29.7137	-12.6034	-110.584
10	0.2143	-0.1404	0.0946	1.6115	0.0479	0.1216	0.0004	-0.0666	-0.0424	0.2342	0.0041	-0.0149	0.0052	-0.0054	-0.0044	0.0115	0.0004	-0.0204	-0.0466	-0.0115	-0.021	-37.3241	-26.8994	-95.6844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	79 - 269	19 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	79 - 269	19 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	79 - 269	19 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	79 - 269	19 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	79 - 269	19 - 209
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	79 - 269	19 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	79 - 269	19 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	79 - 268	19 - 208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	79 - 268	19 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	79 - 269	19 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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