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- PDB-3tks: Crystal structure of full-length human peroxiredoxin 4 in three d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tks
タイトルCrystal structure of full-length human peroxiredoxin 4 in three different redox states
要素(Peroxiredoxin-4) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trx fold / peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


I-kappaB phosphorylation / negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / protein maturation / hydrogen peroxide catabolic process / male gonad development ...I-kappaB phosphorylation / negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / protein maturation / hydrogen peroxide catabolic process / male gonad development / response to oxidative stress / secretory granule lumen / spermatogenesis / ficolin-1-rich granule lumen / molecular adaptor activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PEROXIDE ION / Peroxiredoxin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, X. / Wang, L. / Wang, X. / Sun, F. / Wang, C.-C.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the peroxidase activity and inactivation of human peroxiredoxin 4
著者: Wang, X. / Wang, L. / Wang, X. / Sun, F. / Wang, C.-C.
履歴
登録2011年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-4
B: Peroxiredoxin-4
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
E: Peroxiredoxin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,2508
ポリマ－140,1545
非ポリマー963
水8,557475
1
A: Peroxiredoxin-4
B: Peroxiredoxin-4
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
E: Peroxiredoxin-4
ヘテロ分子

A: Peroxiredoxin-4
B: Peroxiredoxin-4
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
E: Peroxiredoxin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,50016
ポリマ－280,30810
非ポリマー1926
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area29080 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area71920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.178, 140.104, 61.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peroxiredoxin-4 / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / ...Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372


分子量: 28027.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin
#2: タンパク質 Peroxiredoxin-4 / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / ...Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372


分子量: 28043.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin
#3: タンパク質 Peroxiredoxin-4 / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / ...Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372


分子量: 28011.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin
#4: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.8M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 5mM DTT, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月13日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 59098 / Num. obs: 57443 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.492.50.42555220.632194
0.71
0.761
0.7581
0.8221
0.8971
1.0131
1.1421
1.1651
1.1021

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PN8

2pn8


解像度: 2.4→30.523 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.8287 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 2824 5.04 %
Rwork0.1833 --
all0.213 59098 -
obs0.1858 56068 94.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 108.85 Å2 / Biso mean: 39.0616 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6916 Å20 Å2-10.854 Å2
2---4.3822 Å2-0 Å2
3---10.5322 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7890 0 6 475 8371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11311171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8353059
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3996-2.48540.33482410.29674875511687
2.4854-2.58480.33213010.26385094539591
2.5848-2.70240.30172620.24665175543792
2.7024-2.84480.26572630.22565233549693
2.8448-3.02290.2452550.20435338559395
3.0229-3.2560.26882680.19815444571296
3.256-3.58320.22762940.17715469576397
3.5832-4.10070.20963080.15535514582299
4.1007-5.16230.17943130.1335533584699
5.1623-30.52580.20313190.16115569588898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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