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- PDB-7kj0: hyperoxidized human peroxiredoxin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kj0
タイトルhyperoxidized human peroxiredoxin 2
要素Peroxiredoxin-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydrogen peroxide
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / T cell homeostasis / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / thymus development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / response to oxidative stress / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Kean, K.M. / Karplus, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM119227 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Modifying the resolving cysteine affects the structure and hydrogen peroxide reactivity of peroxiredoxin 2.
著者: Peskin, A.V. / Meotti, F.C. / Kean, K.M. / Gobl, C. / Peixoto, A.S. / Pace, P.E. / Horne, C.R. / Heath, S.G. / Crowther, J.M. / Dobson, R.C.J. / Karplus, P.A. / Winterbourn, C.C.
履歴
登録2020年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-2
B: Peroxiredoxin-2
C: Peroxiredoxin-2
D: Peroxiredoxin-2
E: Peroxiredoxin-2
F: Peroxiredoxin-2
G: Peroxiredoxin-2
H: Peroxiredoxin-2
I: Peroxiredoxin-2
J: Peroxiredoxin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,19710
ポリマ－218,19710
非ポリマー00
水31,3101738
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28300 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area70930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.000, 88.000, 125.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-2 / Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / ...Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / Thioredoxin peroxidase 1 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase 1 / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin 2


分子量: 21819.691 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX2, NKEFB, TDPX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32119, thioredoxin-dependent peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→49.6 Å / Num. obs: 109799 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 22.5 % / Biso Wilson estimate: 45.91 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.461 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 8119 / CC1/2: 0.318 / Rrim(I) all: 5.327 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KIZ

7kiz


解像度: 2.29→49.6 Å / SU ML: 0.3535 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.0373
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 5447 4.96 %
Rwork0.1823 104286 -
obs0.1849 109733 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15398 0 0 1738 17136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002116331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57122203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04492421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.43496041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.310.39161780.3593384X-RAY DIFFRACTION96.4
2.31-2.340.36881980.31873507X-RAY DIFFRACTION99.97
2.34-2.370.35121810.30233559X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.40.31571680.29043530X-RAY DIFFRACTION99.95
2.4-2.430.31421880.29113554X-RAY DIFFRACTION99.95
2.43-2.460.32641860.27323528X-RAY DIFFRACTION99.95
2.46-2.50.28571890.26093504X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.540.29911810.25163540X-RAY DIFFRACTION99.97
2.54-2.580.31962030.25343532X-RAY DIFFRACTION99.97
2.58-2.620.27941720.26033528X-RAY DIFFRACTION99.95
2.62-2.660.30761910.26083545X-RAY DIFFRACTION99.89
2.66-2.710.32281690.25633524X-RAY DIFFRACTION99.89
2.71-2.760.33411890.23483534X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.820.29421940.23173537X-RAY DIFFRACTION99.95
2.82-2.880.30091730.22513559X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.950.28821840.21743556X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.020.25511690.19823561X-RAY DIFFRACTION99.97
3.02-3.10.25991990.19093504X-RAY DIFFRACTION99.97
3.1-3.190.25521820.19163553X-RAY DIFFRACTION99.97
3.19-3.30.25241840.18523543X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.420.2172010.16423544X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.550.21341930.15733546X-RAY DIFFRACTION99.92
3.55-3.710.22791250.16022384X-RAY DIFFRACTION67.25
3.71-3.890.21191660.15013158X-RAY DIFFRACTION97.34
3.94-4.150.17461660.13493026X-RAY DIFFRACTION99.72
4.15-4.480.17011560.11533578X-RAY DIFFRACTION100
4.48-4.930.151980.11223580X-RAY DIFFRACTION99.97
4.93-5.640.18591840.13923599X-RAY DIFFRACTION100
5.64-7.10.22321850.17333591X-RAY DIFFRACTION100
7.1-49.60.21131950.18423698X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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