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- PDB-1zwz: Structural comparison of Yeast snoRNP and splicesomal protein snu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zwz
タイトルStructural comparison of Yeast snoRNP and splicesomal protein snu13p with its homologs
要素Snu13p
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein RNA complex / rRNA modification / mRNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / U4 snRNA binding / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly ...snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / U4 snRNA binding / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like ...H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Oruganti, S. / Zhang, Y. / Li, H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2005
タイトル: Structural comparison of yeast snoRNP and spliceosomal protein Snu13p with its homologs
著者: Oruganti, S. / Zhang, Y. / Li, H.
履歴
登録2005年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Snu13p
B: Snu13p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1662
ポリマ－27,1662
非ポリマー00
水3,729207
1
A: Snu13p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5831
ポリマ－13,5831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Snu13p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5831
ポリマ－13,5831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.133, 70.133, 54.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Snu13p


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET 13b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39990
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 %

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→35.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.555 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20864 1119 5.2 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.18418 20398 90.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 0 207 2089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1191.9942598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8285248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.27425.42970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1115336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8531510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.51302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78822038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5583670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5994.5560
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 26 -
Rwork0.298 526 -
obs--32.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7233-0.27990.29622.31090.07072.72470.02490.0348-0.0588-0.0132-0.02020.08710.2536-0.0345-0.0046-0.0178-0.02160.0062-0.0442-0.0061-0.0175102.6231-33.7737.743
20.51820.3405-0.30382.37960.09182.54550.0271-0.02760.04850.0208-0.00860.0992-0.2378-0.0302-0.0185-0.01610.0209-0.005-0.0419-0.0074-0.018102.631-47.183-18.2016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1282 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1282 - 126
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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