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万見
- PDB-1h4a: Human GammaD Crystallin R58H mutant structure AT 1.15 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4a
タイトルHuman GammaD Crystallin R58H mutant structure AT 1.15 A resolution
要素Gamma-crystallin D
キーワードEYE LENS PROTEIN / CRYSTALLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / cellular response to reactive oxygen species / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Basak, A.K. / Slingsby, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: High-Resolution X-Ray Crystal Structures of Human GammaD Crystallin (1.25A) and the R58H Mutant (1.15A) Associated with Aculeiform Cataract
著者: Basak, A.K. / Bateman, O. / Slingsby, C. / Pande, A. / Asherie, N. / Ogun, O. / Benedek, G. / Pande, J.
#1: ジャーナル: Exp.Eye Res. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Calf Eye Lens Gamma-Crystallin Iiib at 2.5 A Resolution: Its Relation to Function
著者: Yu, C. / Nevskaya, N. / Vernoslova, E. / Nikonov, S. / Yu, S. / Brazhnikov, E. / Fomenkova, N. / Lunin, V. / Urzhumtsev, A.
#2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1988
タイトル: Surface Interactions of Gamma-Crystallins in the Crystal Medium in Relation to Their Association in the Eye Lens
著者: Sergeev, Y.V. / Chirgadze, Y.N. / Mylvaganam, S.E. / Driessen, H. / Slingsby, C. / Blundell, T.L.
#3: ジャーナル: Mol.Biol.(Engl.Transl.) / 年: 1987
タイトル: Key Role of Residue 103 in Surface Interactions of Gamma-Crystallins
著者: Sergeev Yu, V. / Chirgadze Yu, N. / Driessen, H. / Slingsby, C. / Blundell, T.L.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1985
タイトル: Phase Improvement in Protein Crystallography Using a Mixed Electron Density Model
著者: Lunin Yu, V. / Urzhumtsev, A.G. / Vernoslova, E.A. / Chirgadze Yu, N. / Nevskaya, N.A. / Fomenkova, N.P.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Crystallographic Study of Gamma-Crystallins from Calf Lens
著者: Chirgadze, Y.N. / Nikonov, S.V. / Garber, M.B. / Reshetnikova, L.S.
履歴
登録2003年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年12月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.title / _entity.pdbx_description ..._citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct.title / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Gamma-crystallin D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6161
ポリマ－20,6161
非ポリマー00
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)33.467, 53.234, 89.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Gamma-crystallin D / Gamma-D-crystallin / Gamma-crystallin 4


分子量: 20615.922 Da / 分子数: 1 / 変異: R58H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P07320
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DOMINANT STRUCTURAL COMPONENTS OF THE VERTEBRATE EYE LENS. THESE PROTEINS HAVE A TWO-DOMAIN BETA- ...DOMINANT STRUCTURAL COMPONENTS OF THE VERTEBRATE EYE LENS. THESE PROTEINS HAVE A TWO-DOMAIN BETA-STRUCTURE, FOLDED INTO SIMILAR GREEK KEY MOTIFS. ENGINEERED MUTATION ARG 58 HIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7 / 詳細: 10MM PHOSPHATE, 4 DEGREE CELSIUS, pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMsodium phosphate11pH7.
220 mldithiothreitol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: LAUE DIAMOND C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→28.33 Å / Num. obs: 55087 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 463412 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ELP

1elp


解像度: 1.15→27.02 Å / SU B: 0.504 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 4565 8.3 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 50465 95.07 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→27.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1444 0 0 276 1720
精密化
*PLUS
最低解像度: 28.33 Å / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.1576 / Rfactor Rfree: 0.1822 / Rfactor Rwork: 0.1555
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.751
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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