PDB-4w9b: Crystal structure of Gamma-B Crystallin expressed in E. coli base...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w9b

タイトル

Crystal structure of Gamma-B Crystallin expressed in E. coli based on mRNA variant 1

要素

Gamma-crystallin B

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Eye lens protein

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.279 Å

データ登録者

Kudlinzki, D. / Buhr, F. / Linhard, V.L. / Jha, S. / Komar, A.A. / Schwalbe, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Two synonymous gene variants encode proteins with identical sequence, but different folding conformations.
著者: Buhr, F. / Jha, S. / Thommen, M. / Rodnina, M. / Kutz, F. / Kudlinzki, D. / Linhard, V.L. / Komar, A.A. / Schwalbe, H.

履歴

登録	2014年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w9b.cif.gz	91.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w9b.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w9aC 4gcrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h4a-d 6w5b-d 2v2u-2 2jdg-d 5ki1-d 1jtm-d 1lyj-d 6uxc-1 2b6x-d 2v2u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Gamma-crystallin B

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.641, 123.641, 56.548
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-299- HOH
2	1	A-305- HOH
3	1	A-316- HOH
4	1	A-324- HOH

#1: タンパク質	Gamma-crystallin B / Gamma-B-crystallin / Gamma-crystallin II 分子量: 21952.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CRYGB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02526
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1% Trypton, 20% PEG 3350, 50mM HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.279→38.88 Å / Num. obs: 42474 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.14 % / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.279→1.36 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS	XDSapp	データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GCR

4gcr

解像度: 1.279→26.292 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1876	2123	5 %
R_work	0.1697	-	-
obs	0.1706	42460	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.279→26.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1450	0	0	218	1668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	2070
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.937	585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2792-1.309	0.409	139	0.3314	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
1.309-1.3417	0.2687	141	0.2795	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3417-1.378	0.2665	140	0.256	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.378-1.4186	0.2574	142	0.2455	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4186-1.4643	0.2806	140	0.2224	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4643-1.5167	0.2241	142	0.2128	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5167-1.5774	0.2293	141	0.1965	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5774-1.6492	0.179	141	0.1724	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6492-1.7361	0.1893	141	0.1615	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7361-1.8448	0.1807	142	0.1574	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8448-1.9872	0.1846	140	0.1554	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9872-2.1871	0.164	142	0.1467	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1871-2.5034	0.1676	142	0.1567	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5034-3.1532	0.1786	143	0.1571	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1532-26.2978	0.1452	147	0.137	2793	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1229	0.4566	-0.1706	3.9439	0.1892	1.0231	0.1228	-0.078	0.0836	0.3774	-0.0725	-0.1265	-0.2398	0.0591	-0.0394	0.2041	-0.0225	0.0021	0.0894	-0.0106	0.1034	-19.2879	4.0117	-8.7816
2	0.9766	-0.2675	0.2582	3.441	-0.251	1.3551	0.0511	-0.1127	0.0763	0.2998	-0.029	-0.0431	-0.2465	-0.0438	-0.0057	0.1929	-0.0182	0.0169	0.0671	-0.0182	0.111	-21.3535	4.0503	-10.2435
3	4.111	-0.2828	-1.4697	5.1329	0.5312	3.0325	0.0607	0.0181	-0.0127	0.1829	-0.0578	0.2685	-0.0658	-0.1798	-0.0154	0.1049	-0.0077	0.0144	0.0305	-0.0074	0.0522	-26.2794	-5.8636	-11.8151
4	2.3344	1.1943	-0.6595	3.9726	-0.4475	2.6281	0.0309	0.0581	0.0475	-0.1662	0.0165	-0.1718	-0.0985	0.1599	-0.056	0.1162	0.0049	0.0141	0.0447	-0.0129	0.0722	-19.5788	-1.8163	-18.9526
5	0.2264	-0.5549	-0.4001	3.745	0.5106	1.2964	-0.0062	-0.0372	0.0107	0.2593	-0.0039	-0.0331	-0.0932	0.0767	0.0313	0.0753	-0.0164	-0.0056	0.0684	0.0009	0.0913	-21.6745	-8.8838	-13.7013
6	5.4133	0.184	0.5484	3.486	0.0596	4.027	0.0613	-0.0015	-0.0468	-0.0692	-0.0822	0.0579	0.1996	-0.1874	-0.0078	0.0718	0.0056	0.0086	0.0356	-0.0097	0.0614	-28.8061	-28.1711	-21.8684
7	4.702	2.0201	0.0832	3.1425	-0.252	1.6648	0.0783	-0.1007	-0.1128	-0.0826	-0.1144	-0.0225	0.1371	-0.0049	0.0099	0.0604	0.0277	0.0039	0.0512	-0.0218	0.0646	-21.9851	-26.9851	-25.1234
8	1.1917	0.1593	-0.126	1.4881	-0.0626	1.1398	0.0208	0.0961	0.0016	-0.1078	-0.0667	-0.0019	-0.0936	-0.0339	0.0355	0.0613	0.0237	-0.0047	0.0558	-0.0033	0.0584	-23.4322	-19.1361	-26.1917
9	2.7882	2.2672	-0.8285	3.1307	-2.6265	3.6745	0.0351	-0.0631	0.0765	0.0488	-0.0725	0.1117	-0.0953	-0.0941	-0.0175	0.0517	0.0103	0.005	0.0717	-0.015	0.0476	-27.1653	-17.7767	-15.736
10	2.4882	-0.5375	0.0538	1.7716	-0.3338	2.7461	-0.0641	0.0175	0.0134	-0.0228	0.016	0.1003	-0.0473	-0.1735	-0.0204	0.0613	0.0192	0.0001	0.029	-0.0259	0.0766	-27.3585	-17.2609	-21.5811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 69 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 70 through 89 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 99 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 100 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 113 through 143 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 144 through 152 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 153 through 173 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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