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- PDB-1i5i: THE C18S MUTANT OF BOVINE (GAMMA-B)-CRYSTALLIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5i
タイトルTHE C18S MUTANT OF BOVINE (GAMMA-B)-CRYSTALLIN
要素(GAMMA-B) CRYSTALLIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / EYE LENS PROTEIN / CRYSTALLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin B
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zarutskie, J.A. / Asherie, N. / Pande, J. / Pande, A. / Lomakin, J. / Lomakin, A. / Ogun, O. / Stern, L.J. / King, J.A. / Benedek, G.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Enhanced crystallization of the Cys18 to Ser mutant of bovine gammaB crystallin.
著者: Asherie, N. / Pande, J. / Pande, A. / Zarutskie, J.A. / Lomakin, J. / Lomakin, A. / Ogun, O. / Stern, L.J. / King, J. / Benedek, G.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Structure of the Bovine Eye Lens Protein Gamma-B (Gamma-II)-Crystallin at 1.47 Angstroms
著者: Najmudin, S. / Nalini, V. / Driessen, H.P.C. / Slingsby, C. / Blundell, T.L. / Moss, D.S. / Lindley, P.F.
#2: ジャーナル: Pept.Protein Rev. / 年: 1984
タイトル: X-Ray Studies of the Lens Specific Proteins, the Crystallins
著者: Summers, L. / Wistow, G. / Narebor, M. / Moss, D. / Lindley, P. / Slingsby, C. / Blundell, T. / Bartunik, H. / Bartels, K.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: X-ray analysis of the eye lens protein Gamma-II Crystallin at 1.9 Angstrom Resolution
著者: Wistow, G. / Turnell, B. / Summers, L. / Slingsby, C. / Moss, D. / Miller, L. / Lindley, P. / Blundell, T.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: The molecular structure and stability of the eye lens: X-Ray Analysis of Gamma-Crystallin II
著者: Blundell, T. / Lindley, P. / Miller, L. / Moss, D. / Slingsby, C. / Tickle, I. / Turnell, B. / Wistow, G.
履歴
登録2001年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (GAMMA-B) CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9761
ポリマ－20,9761
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.850, 57.850, 98.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 (GAMMA-B) CRYSTALLIN


分子量: 20976.494 Da / 分子数: 1 / 変異: C18S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: P02526
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.49 %
結晶化温度: 295 K
手法: chill tube containing protein to 265 k, then bring to 295 k
pH: 7
詳細: 100 mM Phosphate, 20 mM DTT, pH 7.0, chill tube containing protein to 265 K, then bring to 295 K

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 6843 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique all: 6843 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GCR

4gcr


解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Due to weak electron density in the region of the Tyrosine 174, a good model for the residue could not be refined, and is thus not included in the structure. Density was weak for the CG, SD, ...詳細: Due to weak electron density in the region of the Tyrosine 174, a good model for the residue could not be refined, and is thus not included in the structure. Density was weak for the CG, SD, and CE of MET 160 and was not included in the structure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 679 10.2 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs-6667 95.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 0 71 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d6.6
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 112 10.8 %
Rwork0.242 924 -
obs--92.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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