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- PDB-5c59: Crystal structure of the periplasmic region of MacB from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c59
タイトルCrystal structure of the periplasmic region of MacB from E. coli
要素Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
キーワードHYDROLASE / efflux pump / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:K15:H31 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ha, N.C. / Kim, J.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the periplasmic region of MacB from E. coli
著者: Ha, N.C. / Kim, J.S.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
B: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
C: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
D: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
E: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
F: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
G: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,1917
ポリマ－179,1917
非ポリマー00
水00
1
A: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5991
ポリマ－25,5991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5991
ポリマ－25,5991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5991
ポリマ－25,5991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5991
ポリマ－25,5991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5991
ポリマ－25,5991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5991
ポリマ－25,5991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5991
ポリマ－25,5991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.144, 78.565, 137.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量: 25598.723 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 297-522 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:K15:H31 (strain 536 / UPEC) (大腸菌)
株: 536 / UPEC / 遺伝子: macB, ECP_0894 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0TJH0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 75 mM Potassium phosphate monobasic, and 20% PEG8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 53737 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 31.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.998 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 32.81 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3059 3794 7.08 %
Rwork0.2471 --
obs0.2514 53613 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8632 0 0 0 8632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26411922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1183129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9941-3.03190.40511220.30961662X-RAY DIFFRACTION85
3.0319-3.07160.40341300.2951733X-RAY DIFFRACTION91
3.0716-3.11350.35991150.27661830X-RAY DIFFRACTION93
3.1135-3.15780.34541460.26331758X-RAY DIFFRACTION93
3.1578-3.20480.3421630.27951758X-RAY DIFFRACTION94
3.2048-3.25470.32871180.26631839X-RAY DIFFRACTION94
3.2547-3.30780.32741320.2721873X-RAY DIFFRACTION96
3.3078-3.36460.31141560.26511821X-RAY DIFFRACTION96
3.3646-3.42540.33791390.24581831X-RAY DIFFRACTION95
3.4254-3.4910.30661350.25291813X-RAY DIFFRACTION95
3.491-3.56190.31041330.22821873X-RAY DIFFRACTION96
3.5619-3.63890.31761350.25731818X-RAY DIFFRACTION97
3.6389-3.7230.27321400.2431925X-RAY DIFFRACTION97
3.723-3.81550.31711520.24511795X-RAY DIFFRACTION97
3.8155-3.91790.27411340.24971878X-RAY DIFFRACTION97
3.9179-4.03230.34651530.23981818X-RAY DIFFRACTION96
4.0323-4.16130.3271420.23631949X-RAY DIFFRACTION98
4.1613-4.30860.28341430.23471901X-RAY DIFFRACTION99
4.3086-4.47920.30411540.21761905X-RAY DIFFRACTION100
4.4792-4.68060.27121280.20831882X-RAY DIFFRACTION100
4.6806-4.92390.28741640.2191947X-RAY DIFFRACTION100
4.9239-5.22720.24481470.2181884X-RAY DIFFRACTION100
5.2272-5.62250.29251430.23541925X-RAY DIFFRACTION100
5.6225-6.17320.32691440.26061884X-RAY DIFFRACTION99
6.1732-7.03220.33861500.26041898X-RAY DIFFRACTION100
7.0322-8.73520.27971510.26881932X-RAY DIFFRACTION100
8.7352-19.99830.30251250.26981687X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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