PDB-5wk4: Crystal structure of an anti-idiotype VLR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wk4

タイトル

Crystal structure of an anti-idiotype VLR

要素

Variable lymphocyte receptor 39

キーワード

IMMUNE SYSTEM / leucine-rich repeat antibody antigen receptor

生物種

Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Collins, B.C. / Nakahara, H. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of an anti-idiotype variable lymphocyte receptor.
著者: Collins, B.C. / Nakahara, H. / Acharya, S. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2017年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wk4.cif.gz	245.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wk4.ent.gz	194.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3twiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fa0-d 1cv5-d 6ao4-d 6bxd-d 1kw5-d 2rbs-d 4ryn-d 5ki3-d 5c59-1 216l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Variable lymphocyte receptor 39

A: Variable lymphocyte receptor 39

B: Variable lymphocyte receptor 39

C: Variable lymphocyte receptor 39

E: Variable lymphocyte receptor 39

F: Variable lymphocyte receptor 39

ヘテロ分子

132 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Variable lymphocyte receptor 39

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Variable lymphocyte receptor 39

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Variable lymphocyte receptor 39

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Variable lymphocyte receptor 39

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Variable lymphocyte receptor 39

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Variable lymphocyte receptor 39

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.415, 61.382, 80.562
Angle α, β, γ (deg.)	110.09, 99.79, 93.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Variable lymphocyte receptor 39 / VLR39 分子量: 21958.854 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH8.5 0.2M magnesium chloride 24%(w/v) peg-4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→34.72 Å / Num. obs: 145338 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.33 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.06423 / R_pim(I) all: 0.03892 / R_rim(I) all: 0.07523 / Net I/σ(I): 11.05
反射シェル	解像度: 1.498→1.552 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.7363 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 9013 / CC_1/2: 0.732 / R_pim(I) all: 0.4409 / R_rim(I) all: 0.8594 / % possible all: 52.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TWI, modified

3twi

解像度: 1.498→34.72 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	7053	4.86 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1949	145247	85.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→34.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8665	0	4	943	9612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8895
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.871	12192
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.054	3216
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1578

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4983-1.5154	0.3627	152	0.3006	2511	X-RAY DIFFRACTION	47
1.5154-1.5332	0.3727	131	0.3261	2846	X-RAY DIFFRACTION	52
1.5332-1.5519	0.3195	160	0.2459	3198	X-RAY DIFFRACTION	59
1.5519-1.5715	0.2473	177	0.2302	3556	X-RAY DIFFRACTION	66
1.5715-1.5922	0.2559	226	0.229	4265	X-RAY DIFFRACTION	78
1.5922-1.614	0.2442	277	0.228	4825	X-RAY DIFFRACTION	90
1.614-1.6371	0.2581	227	0.2266	4931	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6371-1.6615	0.2555	253	0.2225	4937	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6615-1.6875	0.2489	237	0.2132	4894	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6875-1.7152	0.2586	249	0.2162	4884	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7152-1.7447	0.25	242	0.2194	4848	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7447-1.7765	0.2673	247	0.2183	4829	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7765-1.8106	0.2727	227	0.2224	4526	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8106-1.8476	0.2341	225	0.2192	4842	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8476-1.8878	0.282	272	0.2234	4971	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8878-1.9317	0.2661	280	0.2336	4885	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9317-1.98	0.2441	260	0.2092	4953	X-RAY DIFFRACTION	92
1.98-2.0335	0.2154	236	0.2041	4928	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0335-2.0933	0.2496	246	0.2143	4821	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0933-2.1609	0.2253	245	0.2011	4727	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1609-2.2381	0.2275	263	0.2019	4701	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2381-2.3277	0.2379	227	0.2072	4972	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3277-2.4336	0.2279	250	0.2023	5003	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4336-2.5619	0.2377	236	0.1983	4980	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5619-2.7224	0.2432	266	0.2083	4820	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7224-2.9325	0.2433	253	0.2061	4667	X-RAY DIFFRACTION	86
2.9325-3.2274	0.2375	264	0.2077	5090	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2274-3.6941	0.1921	227	0.1734	5010	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6941-4.6527	0.179	262	0.1455	4779	X-RAY DIFFRACTION	88
4.6527-37.0467	0.1608	236	0.1525	4995	X-RAY DIFFRACTION	92

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