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- PDB-1e66: STRUCTURE OF ACETYLCHOLINESTERASE COMPLEXED WITH (-)-HUPRINE X AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+66
タイトルSTRUCTURE OF ACETYLCHOLINESTERASE COMPLEXED WITH (-)-HUPRINE X AT 2.1A RESOLUTION
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / CHOLINESTERASE / HUPRINE X / ALZHEIMER'S DISEASE / CHEMICAL HYBRID
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / choline metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HUX / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種TORPEDO CALIFORNICA (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dvir, H. / Harel, M. / Silman, I. / Sussman, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: 3D Structure of Torpedo Californica Acetylcholinesterase Complexed with Huprine X at 2. 1 A Resolution: Kinetic and Molecular Dynamic Correlates.
著者: Dvir, H. / Wong, D.M. / Harel, M. / Barril, X. / Orozco, M. / Luque, F.J. / Munoz-Torrero, D. / Camps, P. / Rosenberry, T.L. / Silman, I. / Sussman, J.L.
履歴
登録2000年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02017年7月12日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0664
ポリマ－61,3251
非ポリマー7413
水8,953497
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1338
ポリマ－122,6502
非ポリマー1,4826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3960 Å2
ΔGint-13.7 kcal/mol
Surface area38090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.335, 112.335, 138.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE / ACHE


分子量: 61325.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: SYNTHETIC HYBRID, HUPRINE X, BOUND AT THE BOTTOM OF THE ACTIVE SITE GORGE
由来: (天然) TORPEDO CALIFORNICA (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-HUX / 3-CHLORO-9-ETHYL-6,7,8,9,10,11-HEXAHYDRO-7,11-METHANOCYCLOOCTA[B]QUINOLIN-12-AMINE


分子量: 298.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19ClN2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HYDROLYZES CHOLINE RELEASED INTO THE SYNAPSE. CATALYTIC ACTIVITY: ACETYLCHOLINE + H(2)O = CHOLINE + ...HYDROLYZES CHOLINE RELEASED INTO THE SYNAPSE. CATALYTIC ACTIVITY: ACETYLCHOLINE + H(2)O = CHOLINE + ACETATE. INHIBITORS OF THE ENZYME ACETYLCHOLINESTERASE (ACHE) SLOW AND SOMETIMES REVERSE THE COGNITIVE DECLINE EXPERIENCED BY INDIVIDUALS WITH ALZHEIMER'S DISEASE. HUPERZINE A, A NATURAL PRODUCT USED IN TRADITIONAL CHINESE HERBAL MEDICINE, AND TACRINE (COGNEX) ARE AMONG THE POTENT ACHE INHIBITORS USED IN THIS TREATMENT. (-)-12-AMINO-3-CHLORO-9-ETHYL-6,7,10,11-TETRAHYDRO-7,11- METHANOCYCLOOCTA[B]QUINOLINE HYDROCHLORIDE (HUPRINE X), A HYBRID THAT COMBINES THE CARBOBICYCLIC SUBSTRUCTURE OF HUPERZINE A WITH WITH THE 4-AMINOQUINOLINE SUBSTRUCTURE OF TACRINE HUPRINE X BINDS TO HUMAN ACHE WITH AN INHIBITION CONSTANT K(I) OF 26 PM. HUPRINE X SHOWS NO DETECTABLE AFFINITY FOR THE EDROPHONIUM-ACHE COMPLEX. HUPRINE X BINDS TO THE ENZYME ACYLATION SITE IN THE ACTIVE SITE GORGE INTERFERES SLIGHTLY WITH THE BINDING OF PERIPHERAL SITE LIGANDS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 35-40% W/V PEG 200 0.3M MES PH 5.6 4 DEG. CELSIUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110-11 mg/mlenzyme1drop
21 mMMES1droppH6.5
3100 mM1dropNaCl
40.02 %1dropNaN3
540 %PEG2001reservoir
60.3 MMES1reservoirpH5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.42 Å / Num. obs: 60094 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.52 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 17.6
反射
*PLUS
Num. all: 60094 / Num. obs: 45140 / Num. measured all: 482340 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACE

2ace


解像度: 2.1→29.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2910778.11 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: PROLINE 485 IS OUT OF THE 3FO-2FC DENSITY MAP. THE CONSERVED WATER MOLECULE THAT BELONGS TO THE OXYANION HOLE (HOH 682 IN 2ACE NUMBERING) IS ABSENT IN THIS ENTRY ALTHOUGH A POSITIVE ...詳細: PROLINE 485 IS OUT OF THE 3FO-2FC DENSITY MAP. THE CONSERVED WATER MOLECULE THAT BELONGS TO THE OXYANION HOLE (HOH 682 IN 2ACE NUMBERING) IS ABSENT IN THIS ENTRY ALTHOUGH A POSITIVE DIFFERENCE DENSITY HAD BEEN DETECTED IN THAT LOCATION. HERE THIS WATER WAS NOT MODELED BECAUSE OF INSUFICIENT SPACE FOR IT DUE TO MOVEMENT OF SER 200.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 4542 10.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.177 45083 76 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.6596 Å2 / ksol: 0.345552 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.58 Å24.65 Å20 Å2
2--6.58 Å20 Å2
3----13.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4157 0 49 497 4703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.872.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 231 10.5 %
Rwork0.235 1967 -
obs--22.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4HUP.PARHUP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.05
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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