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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a7l | ||||||
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タイトル | Structure of the Actin-Tropomyosin-Myosin Complex (rigor ATM 1) | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/HYDROLASE / STRUCTURAL PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN / CYTOSKELETON / CONTRACTILE FILAMENT / MOTOR ACTIVITY / ATP CATABOLIC PROCESS / RIGOR STATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macropinocytic cup membrane / pseudopodium membrane / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / chemotaxis to cAMP / macropinocytic cup / actin filament-based movement / leading edge membrane / early phagosome / myosin complex ...macropinocytic cup membrane / pseudopodium membrane / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / chemotaxis to cAMP / macropinocytic cup / actin filament-based movement / leading edge membrane / early phagosome / myosin complex / cytoskeletal motor activator activity / microfilament motor activity / phagocytosis, engulfment / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / cell leading edge / pseudopodium / filamentous actin / actin filament bundle / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / phagocytic cup / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / phagocytosis / skeletal muscle fiber development / stress fiber / muscle contraction / titin binding / actin filament polymerization / actin filament organization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endocytosis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / actin binding / cell body / calmodulin binding / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å | ||||||
データ登録者 | Behrmann, E. / Mueller, M. / Penczek, P.A. / Mannherz, H.G. / Manstein, D.J. / Raunser, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2012 タイトル: Structure of the rigor actin-tropomyosin-myosin complex. 著者: Elmar Behrmann / Mirco Müller / Pawel A Penczek / Hans Georg Mannherz / Dietmar J Manstein / Stefan Raunser / 要旨: Regulation of myosin and filamentous actin interaction by tropomyosin is a central feature of contractile events in muscle and nonmuscle cells. However, little is known about molecular interactions ...Regulation of myosin and filamentous actin interaction by tropomyosin is a central feature of contractile events in muscle and nonmuscle cells. However, little is known about molecular interactions within the complex and the trajectory of tropomyosin movement between its "open" and "closed" positions on the actin filament. Here, we report the 8 Å resolution structure of the rigor (nucleotide-free) actin-tropomyosin-myosin complex determined by cryo-electron microscopy. The pseudoatomic model of the complex, obtained from fitting crystal structures into the map, defines the large interface involving two adjacent actin monomers and one tropomyosin pseudorepeat per myosin contact. Severe forms of hereditary myopathies are linked to mutations that critically perturb this interface. Myosin binding results in a 23 Å shift of tropomyosin along actin. Complex domain motions occur in myosin, but not in actin. Based on our results, we propose a structural model for the tropomyosin-dependent modulation of myosin binding to actin. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a7l.cif.gz | 765.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a7l.ent.gz | 632.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a7l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4a7l_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4a7l_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4a7l_validation.xml.gz | 118.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4a7l_validation.cif.gz | 169.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 組織: SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P68135 #2: タンパク質 | 分子量: 15807.628 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 98-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / プラスミド: PJC20 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P58772 #3: タンパク質 | 分子量: 79207.305 Da / 分子数: 3 / Fragment: RESIDUES 1-697 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) 株: AX2 / プラスミド: PDXA-3H 発現宿主: DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) 参照: UniProt: Q03479, EC: 3.6.4.1 #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | ChemComp-CA / 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 334 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, SER 334 TO GLU ...ENGINEERED | 配列の詳細 | SEQUENCE IS NOT BASED ON THE EXPERIMENTAL PROTEIN AS NO FULL-LENGTH TROPOMYOSIN STRUCTURES WERE ...SEQUENCE IS NOT BASED ON THE EXPERIMENT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: F-ACTIN-MYO1E-TROPOMYOSIN COMPLEX (CONFORMATION 1) / タイプ: COMPLEX / 詳細: CMOS IMAGE FRAMES SELECTED BY POWER SPECTRUM |
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緩衝液 | 名称: 5MM TRIS, 100MM KCL, 2MM MGCL2, 50MM GLUTAMINE, 50MM ARGININ pH: 7.2 詳細: 5MM TRIS, 100MM KCL, 2MM MGCL2, 50MM GLUTAMINE, 50MM ARGININ |
試料 | 濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 90, TEMPERATURE- 101, INSTRUMENT- GATAN CRYOPLUNGE 3, METHOD- MANUAL BLOTTING FOR APPROXIMATELY 15 SECONDS, |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC 詳細: BEST 836 MICROGRAPHS WERE SELECTED FROM OVER 3000 AQUIRED IMAGES |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 80000 X / 倍率(補正後): 169644 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 4.1 mm |
試料ホルダ | 温度: 77 K |
撮影 | 電子線照射量: 1.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 836 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: IHRSR / 解像度: 8.1 Å / 粒子像の数: 5555 / ピクセルサイズ(公称値): 1.84 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.84 Å / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: METHOD--GEOMETRY-BASED CONFORMATIONAL SAMPLING USING DEFORMABLE ELASTIC NETWORK (DEN) APPROACH REFINEMENT PROTOCOL--EM | ||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 8.1 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8.1 Å
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