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- PDB-1atn: Atomic structure of the actin:DNASE I complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1atn
タイトルAtomic structure of the actin:DNASE I complex
要素
  • ACTIN
  • DEOXYRIBONUCLEASE I
キーワードENDODEOXYRIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Striated Muscle Contraction / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / dynactin complex / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / DNA catabolic process / cytoskeletal motor activator activity ...Striated Muscle Contraction / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / dynactin complex / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / DNA catabolic process / cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / nuclear envelope / lamellipodium / actin binding / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / apoptotic process / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / DNA binding / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / 4-Layer Sandwich / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Deoxyribonuclease-1 / Actin, alpha skeletal muscle / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kabsch, W. / Mannherz, H.G. / Suck, D. / Pai, E. / Holmes, K.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Atomic structure of the actin:DNase I complex.
著者: Kabsch, W. / Mannherz, H.G. / Suck, D. / Pai, E.F. / Holmes, K.C.
#1: ジャーナル: Annu.Rev.Biophys.Biophys.Chem. / 年: 1992
タイトル: Structure and Function of Actin
著者: Kabsch, W. / Vandekerckhove, J.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1991
タイトル: Muscle Proteins: Actin
著者: Holmes, K.C. / Kabsch, W.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Similarity of the Three-Dimensional Structures of Actin and the ATPase Fragment of a 70-kDa Heat Shock Cognate Protein
著者: Flaherty, K.M. / Mckay, D.B. / Kabsch, W. / Holmes, K.C.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Atomic Model of the Actin Filament
著者: Holmes, K.C. / Popp, D. / Gebhard, W. / Kabsch, W.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystallographic Refinement and Structure of DNase I at 2 Angstroms Resolution
著者: Oefner, C. / Suck, D.
#6: ジャーナル: Embo J. / 年: 1985
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Complex of Actin and DNase I at 4.5 Angstroms Resolution
著者: Kabsch, W. / Mannherz, H.G. / Suck, D.
#7: ジャーナル: Embo J. / 年: 1984
タイトル: Three-Dimensional Structure of Bovine Pancreatic DNase I at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Suck, D. / Oefner, C. / Kabsch, W.
#8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Complex of Skeletal Muscle Actin and Bovine Pancreatic DNase I at 6-Angstroms Resolution
著者: Suck, D. / Kabsch, W. / Mannherz, H.G.
履歴
登録1991年3月8日処理サイト: BNL
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET SHEETS A4A AND A4B ARE IDENTICAL EXCEPT FOR THE FIRST STRAND. THIS STRAND IS SPLIT INTO TWO ...SHEET SHEETS A4A AND A4B ARE IDENTICAL EXCEPT FOR THE FIRST STRAND. THIS STRAND IS SPLIT INTO TWO DISTINCT AMINO ACID RUNS. THE BULGE OF 5 AMINO ACIDS INCLUDES HELIX 7. SHEET D1B IS AN EXTENSION OF SHEET D1A. STRANDS 1 TO 4 OF D1B ARE AN EXTENSION OF STRANDS 2 TO 5 OF D1A. SHEETS D2A AND D2B ARE IDENTICAL EXCEPT FOR THE FIRST STRAND. THIS STRAND IS INTERRUPTED BY ONE BULGE RESIDUE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIN
D: DEOXYRIBONUCLEASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8248
ポリマ－70,5702
非ポリマー1,2546
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.900, 56.300, 109.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE HIS A 73 IS A METHYLATED HISTIDINE.

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要素

#1: タンパク質 ACTIN


分子量: 41522.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: PANCREAS / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P02568, UniProt: P68135*PLUS
#2: タンパク質 DEOXYRIBONUCLEASE I


分子量: 29047.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00639
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THERE IS A CARBOHYDRATE MOIETY CONSISTING OF TWO N-ACETYLGLUCOSAMINE AND 5 MANNOSE RESIDUES WHICH ...THERE IS A CARBOHYDRATE MOIETY CONSISTING OF TWO N-ACETYLGLUCOSAMINE AND 5 MANNOSE RESIDUES WHICH IS LINKED TO THE SIDE CHAIN AMIDE GROUP (ND2) OF ASN D 18 OF DNASE I THROUGH A BETA-1-N-GLYCOSIDIC BOND. THE FOUR MANNOSE RESIDUES FOLLOWING THE BRANCH AFTER MANNOSE 3 ARE NOT VISIBLE IN THE MAP AND HAVE BEEN OMITTED. THE RESIDUES DESIGNATED "CA" ARE DIVALENT METALS, PROBABLY CALCIUM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein11
250 mMimidazole 11
30.1 mM11CaCl2
41 mM11NaN3
52 mMMgATP1411
69 %PEG600012

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. all: 32996 / Num. obs: 31362 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 103367 / Rmerge(I) obs: 0.107

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rwork: 0.21 / σ(I): 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4945 0 74 0 5019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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