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万見
- PDB-5m52: Crystal structure of yeast Brr2 full-lenght in complex with Prp8 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m52
タイトルCrystal structure of yeast Brr2 full-lenght in complex with Prp8 Jab1 domain
要素
  • Pre-mRNA-splicing factor 8
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
キーワードHYDROLASE / Protein Complex / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding ...spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / Cytidine Deaminase; domain 2 / Sec63 domain ...Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / Cytidine Deaminase; domain 2 / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wollenhaupt, J. / Absmeier, E. / Becke, C. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2017
タイトル: Interplay of cis- and trans-regulatory mechanisms in the spliceosomal RNA helicase Brr2.
著者: Absmeier, E. / Becke, C. / Wollenhaupt, J. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
C: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
D: Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)553,9214
ポリマ－553,9214
非ポリマー00
水18010
1
A: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
C: Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,9612
ポリマ－276,9612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area97750 Å2
手法PISA
2
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
D: Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,9612
ポリマ－276,9612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area94980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.335, 181.158, 210.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246 / yeast Brr2


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BRR2, RSS1, SNU246, YER172C, SYGP-ORF66 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8 / yeast Prp8 Jab1 domain


分子量: 30490.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 10.5 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 94451 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.75 % / Rsym value: 0.327 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / Rsym value: 1.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DCA

5dca


解像度: 3.4→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 38.53 / SU ML: 0.564 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.621
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29629 2100 2.2 %RANDOM
Rwork0.25204 ---
obs0.25301 92351 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 94.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.73 Å2-0 Å20 Å2
2---3.18 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.4→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34512 0 0 10 34522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01935241
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0233819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9371.96447767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.821377982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.79754289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41324.9791637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.201156313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.29615157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.25421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02139492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2959.52517207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2959.52517206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.41114.27921479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.41114.27921480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6879.52518034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6879.52518033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.42514.25826288
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.03574.11738844
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.03574.11738845
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.398→3.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 147 -
Rwork0.373 6480 -
obs--96.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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