PDB-4y5p: Endothiapepsin in complex with fragment 338

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y5p

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 338

要素

Endothiapepsin

エンドチアペプシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / fragment screening /

inhibition (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

エンドチアペプシン / aspartic-type endopeptidase activity /

タンパク質分解
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.229 Å

データ登録者

Fu, K. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Fu, K. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y5p.cif.gz	195.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y5p.ent.gz	157.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5og7-d 5r2b-d 5qbr-d 5p1p-d 5p5f-d 4y4u-d 5qb9-d 3c4e-2 5u46-2 4y4b-d 5qbp-d 2bzh-d 4yd3-d 5rcq-d 5isj-d 4y3e-d 1bxq-d 5rd2-d 3pcw-d 3pbd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.294, 72.932, 52.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / エンドチアペプシン / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) / 参照: UniProt: P11838, エンドチアペプシン

-
非ポリマー , 5種, 316分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-483 / 2-(1H-imidazol-1-yl)-N-(trans-4-methylcyclohexyl)acetamide 分子量: 221.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8944 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.229→42.649 Å / Num. obs: 92370 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.62
反射シェル	解像度: 1.23→1.3 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.229→25.51 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1469	4618	5 %	Random selection
R_work	0.1217	-	-	-
obs	0.123	92352	98.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.229→25.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2372	0	42	310	2724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.219	3488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.881	838
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2291-1.243	0.2215	127	0.1958	2406	X-RAY DIFFRACTION	82
1.243-1.2577	0.2111	139	0.185	2655	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2577-1.273	0.2188	146	0.1825	2761	X-RAY DIFFRACTION	94
1.273-1.2891	0.2017	151	0.1672	2872	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2891-1.3061	0.1842	156	0.1557	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3061-1.324	0.1837	155	0.146	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.324-1.3429	0.1782	154	0.1434	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3429-1.3629	0.144	157	0.1305	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3629-1.3842	0.1341	157	0.1189	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3842-1.4069	0.1609	154	0.1185	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4069-1.4312	0.1518	155	0.1121	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4312-1.4572	0.1341	157	0.1049	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4572-1.4852	0.1392	154	0.1039	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4852-1.5155	0.1468	155	0.1026	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5155-1.5485	0.1287	157	0.0956	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5485-1.5845	0.1126	155	0.0928	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5845-1.6241	0.1383	157	0.0941	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6241-1.668	0.1298	154	0.0944	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
1.668-1.7171	0.1463	156	0.0964	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7725	0.1259	156	0.0976	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7725-1.8358	0.1254	156	0.0977	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8358-1.9093	0.1111	156	0.0956	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9093-1.9962	0.1223	155	0.0965	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9962-2.1014	0.1109	158	0.0985	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1014-2.233	0.1137	153	0.1019	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.233-2.4053	0.1265	157	0.1127	2979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4053-2.6471	0.1328	158	0.1229	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6471-3.0296	0.1613	156	0.129	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0296-3.8149	0.169	157	0.1406	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8149-25.5153	0.177	160	0.1559	3028	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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