PDB-4o8m: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o8m

タイトル

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein actinobacillus succinogenes 130z, target EFI-510004, with bound L-galactonate

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinobacillus succinogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4o8m_full_validation.pdf.gz	547.9 KB	表示
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CIF形式データ	4o8m_validation.cif.gz	186.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtSC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mn5-1 2oaa-1 3zm3-d 4pfb-d 3eve-d 1pwd-d 3ldz-4 3grf-d 6ssy-2 4ovt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510004

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リンク

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登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

C: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

D: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

E: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

F: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

G: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

H: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

310 kDa, 8 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

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2

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3

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5

E: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

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6

F: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

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7

G: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

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8

H: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.233, 143.593, 97.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

POSSIBLE DIMER, ASSUMED MONOMER

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 38356.688 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinobacillus succinogenes (バクテリア) 株: 130Z / 遺伝子: Asuc_0158 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6VKP1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-2Q2 / L-galactonic acid / L-ガラクトン酸分子量: 196.155 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein (39.2 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM L-Galactonate); Reservoir (2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5); Cryoprotection (80% Concentrated Lithium Sulfate, 20% ...詳細: Protein (39.2 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM L-Galactonate); Reservoir (2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5); Cryoprotection (80% Concentrated Lithium Sulfate, 20% Reservoir), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.75 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (39.2 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM L-Galactonate); Reservoir (2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5); Cryoprotection (80% Concentrated Lithium Sulfate, 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月9日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→143.593 Å / Num. all: 287096 / Num. obs: 287096 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	3.4	0.757	1	140641	41572	0.757	98.9
1.79-1.9	3.5	0.681	1.1	138050	39520	0.681	99.3
1.9-2.03	3.6	0.324	2.3	133378	37326	0.324	99.7
2.03-2.19	3.7	0.221	3.4	128210	34799	0.221	99.9
2.19-2.4	3.7	0.199	3.6	117074	31755	0.199	99.2
2.4-2.69	3.8	0.114	6.5	110033	29033	0.114	99.9
2.69-3.1	3.8	0.078	9.2	96912	25604	0.078	99.9
3.1-3.8	3.7	0.056	12.1	80254	21545	0.056	99.5
3.8-5.38	3.7	0.036	17.3	62617	16756	0.036	99.7
5.38-143.593	3.7	0.034	17	33990	9186	0.034	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX	AUTOMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4OVT

4ovt

解像度: 1.7→31.204 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8344 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2358	14489	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1884	-	-	-
obs	0.1908	286219	99.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.75 Å² / B_iso mean: 18.3691 Å² / B_iso min: 3.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.204 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18838	0	187	3575	22600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	19509
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	26491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	2994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.219	7266

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2969	487	0.26	8934	9421	99
1.7193-1.7395	0.3201	504	0.2635	8991	9495	99
1.7395-1.7608	0.2957	486	0.2435	8942	9428	99
1.7608-1.783	0.287	457	0.2284	9067	9524	99
1.783-1.8065	0.2783	474	0.2238	9049	9523	99
1.8065-1.8312	0.3056	473	0.2236	9042	9515	99
1.8312-1.8574	0.2702	473	0.214	8989	9462	99
1.8574-1.8851	0.3451	520	0.2803	8989	9509	99
1.8851-1.9146	0.4718	484	0.4291	8966	9450	98
1.9146-1.946	0.3281	483	0.2766	9117	9600	100
1.946-1.9795	0.2451	500	0.1829	8971	9471	100
1.9795-2.0155	0.2429	514	0.1784	9091	9605	100
2.0155-2.0543	0.2166	527	0.169	9033	9560	100
2.0543-2.0962	0.215	486	0.1545	9130	9616	100
2.0962-2.1417	0.215	463	0.1576	9178	9641	100
2.1417-2.1916	0.2365	499	0.1739	9012	9511	100
2.1916-2.2464	0.393	443	0.3528	8820	9263	96
2.2464-2.3071	0.3248	467	0.2549	8933	9400	98
2.3071-2.3749	0.2107	504	0.151	9158	9662	100
2.3749-2.4516	0.1972	463	0.1453	9057	9520	100
2.4516-2.5391	0.2053	506	0.1495	9098	9604	100
2.5391-2.6408	0.224	460	0.1564	9193	9653	100
2.6408-2.7609	0.2113	440	0.1556	9172	9612	100
2.7609-2.9063	0.207	466	0.1575	9121	9587	100
2.9063-3.0883	0.1862	459	0.1499	9148	9607	100
3.0883-3.3265	0.1991	501	0.1586	9153	9654	100
3.3265-3.6608	0.1953	492	0.1678	9017	9509	99
3.6608-4.1894	0.188	448	0.1532	9068	9516	98
4.1894-5.2741	0.1707	492	0.1359	9154	9646	100
5.2741-31.2091	0.2289	518	0.2042	9137	9655	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5348	0.0864	0.1856	0.5359	0.0334	0.882	-0.013	-0.1219	-0.0607	0.0926	-0.0382	-0.1994	-0.083	0.2571	0.0007	0.0796	-0.0284	-0.0229	0.167	0.0092	0.1544	99.2902	123.3069	60.5249
2	0.3587	0.3652	-0.0349	0.5994	0.2224	0.3955	-0.0297	-0.0147	-0.0211	0.0774	0.0146	-0.023	0.0085	0.0533	0.0056	0.0766	-0.0039	-0.0126	0.0763	0.0096	0.106	84.6451	113.0182	57.487
3	0.9817	-0.4238	0.4285	1.1355	-0.8847	1.754	0.0277	-0.0889	0.0253	0.0788	0.051	0.1547	-0.0957	-0.0469	-0.0387	0.1191	-0.0199	0.0127	0.0647	-0.0152	0.1016	78.3393	117.3117	64.2578
4	0.2473	0.0244	-0.1015	0.1776	0.0262	1.2031	0.0456	-0.0266	-0.0341	-0.0341	0.0204	0.0308	0.0524	0.0112	-0.0279	0.0887	-0.0102	-0.0023	0.0586	0.0085	0.1169	86.6646	118.7426	53.7371
5	0.8905	0.0943	-0.1939	1.0127	0.1156	1.2047	0.0401	0.0867	-0.1296	-0.1185	0.0591	0.0199	0.2138	0.0718	-0.0402	0.1662	0.0081	0.0181	0.0536	-0.0094	0.117	85.5978	108.6454	36.0041
6	1.2664	0.4321	-0.015	0.863	0.0078	0.6449	0.0213	0.094	-0.093	-0.0162	-0.0532	-0.0844	0.0868	0.1238	0.0278	0.1193	0.037	0	0.0958	0.0122	0.1246	90.5975	107.7186	42.8076
7	0.4148	0.0787	0.0813	0.498	0.1095	0.9566	0.0294	-0.0167	-0.0838	0.0512	-0.0251	-0.1122	-0.0582	0.1361	-0.0097	0.0885	-0.0221	-0.0089	0.101	0.0191	0.1196	91.0374	117.8505	48.3857
8	0.6837	-0.2301	0.0391	0.3951	0.2327	1.8509	-0.0455	-0.065	0.0908	-0.1124	0.0025	-0.1055	-0.168	-0.0653	-0.0457	0.1884	-0.0517	0.0113	0.0696	0.0035	0.1144	89.1499	129.8765	53.9658
9	0.7441	0.0099	0.0085	0.4493	-0.2199	0.4875	0.0828	0.067	-0.0368	-0.0437	-0.0063	0.0641	0.0141	-0.0548	-0.1047	0.1419	-0.0074	-0.0108	0.0682	0.0005	0.1146	75.8252	113.2271	38.3343
10	0.6587	0.8445	0.0658	1.6125	0.2644	1.285	-0.0144	-0.0797	-0.0131	-0.0132	0.0697	0.2547	-0.0275	-0.1865	-0.0069	0.0819	0.0079	-0.0237	0.0963	0.0403	0.166	70.1444	111.5857	56.259
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53	0.5863	-0.4303	-0.0762	0.339	0.0537	0.6411	0.047	0.0466	0.0399	-0.0637	-0.0101	-0.0742	-0.0064	0.0371	-0.017	0.1162	0.0158	0.0063	0.0722	0.0035	0.0983	87.6764	83.4711	36.1708
54	0.3525	-0.0184	-0.0042	0.4297	0.0923	1.0956	0.0374	0.0187	0.0855	-0.0179	-0.0033	-0.0169	-0.1501	-0.0385	-0.0246	0.1183	0.0144	-0.001	0.0677	0.0089	0.1232	86.2899	86.0358	42.9877
55	0.3858	-0.1481	-0.0703	0.327	0.2242	0.7132	-0.021	-0.005	0.0237	0.0847	0.0453	-0.0143	0.1316	0.0726	-0.0326	0.136	0.0208	-0.0104	0.0871	0.0116	0.1156	88.8139	80.7665	48.5113
56	0.8937	-0.4073	-0.4277	2.0613	-0.3986	0.6514	0.0598	0.1133	-0.0441	-0.1287	-0.0319	0.1845	-0.032	-0.1555	0.025	0.1582	0.0408	-0.0165	0.1073	0.019	0.1592	75.2013	88.2615	33.2665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 81 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 113 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 136 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 137 through 154 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 155 through 174 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 175 through 202 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 203 through 250 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 251 through 286 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 287 through 308 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 309 through 328 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 26 through 81 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 82 through 113 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 114 through 136 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 137 through 154 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 155 through 174 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 175 through 250 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 251 through 286 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 287 through 328 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 26 through 81 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 82 through 174 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 175 through 285 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 286 through 328 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 26 through 81 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 82 through 123 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 124 through 174 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 175 through 250 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 251 through 285 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 286 through 326 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 26 through 81 )	E
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 82 through 113 )	E
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 114 through 136 )	E
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 137 through 174 )	E
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 175 through 250 )	E
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 251 through 285 )	E
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 286 through 308 )	E
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 309 through 328 )	E
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 26 through 81 )	F
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 82 through 113 )	F
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 114 through 136 )	F
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 137 through 154 )	F
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 155 through 174 )	F
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 175 through 201 )	F
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 202 through 250 )	F
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 251 through 285 )	F
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 286 through 308 )	F
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 309 through 328 )	F
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 27 through 81 )	G
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 82 through 154 )	G
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 155 through 174 )	G
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 175 through 302 )	G
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 303 through 328 )	G
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 27 through 81 )	H
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 82 through 123 )	H
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 124 through 174 )	H
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 175 through 302 )	H
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 303 through 328 )	H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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