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タイトルNatural Product-like Fragments Unlock Novel Chemotypes for a Kinase Target─Exploring Options beyond the Flatland.
ジャーナル・号・ページJ. Chem. Inf. Model., Vol. 66, Page 2249-2267, Year 2026
掲載日2025年6月3日 (構造データの登録日)
著者Santura, A. / Muller, J. / Wolter, M. / Tutzschky, I.C. / Ruf, M. / Metz, A. / Sandner, A. / Merkl, S. / Klebe, G. / Glinca, S. / Czodrowski, P.
リンクJ. Chem. Inf. Model. / PubMed:41430555
手法X線回折
解像度1.2 - 1.75 Å
構造データ

PDB-9rdu:
Crystal structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-9rdv:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F005
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-9rdw:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F009
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.44 Å

PDB-9rdx:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F012
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9rdy:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F024
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9rdz:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F030
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-9re0:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F032
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-9re1:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F055
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-9re2:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F058
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-9re3:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F070
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-9re4:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F073
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-9re5:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F074
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9re6:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F102
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-9re7:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F134
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

PDB-9re8:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F138
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9re9:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F145
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-9rea:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F168
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-9reb:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F184
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-9rec:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F186
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.2 Å

PDB-9red:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F188
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-9ree:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F189
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.34 Å

PDB-9ref:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F203
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-9reg:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F225
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-9reh:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F236
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.33 Å

PDB-9rei:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F248
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-9rej:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F264
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9rek:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F274
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-9rel:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F283
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-9rem:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F294
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-9ren:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F296
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-9reo:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F299
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-9rep:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F304
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.44 Å

PDB-9req:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F310
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9rer:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F312
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-9res:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F313
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9ret:
Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F322
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

化合物

PDB-1je8:
Two-Component response regulator NarL/DNA Complex: DNA Bending Found in a High Affinity Site

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

PDB-1je7:
Unknown entry

PDB-1je6:
Structure of the MHC Class I Homolog MICB

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

PDB-1je5:
Crystal Structure of gp2.5, a Single-Stranded DNA Binding Protein Encoded by Bacteriophage T7

PDB-1je4:
Solution structure of the monomeric variant of the chemokine MIP-1beta

PDB-1je9:
NMR SOLUTION STRUCTURE OF NT2

PDB-1je3:
Solution Structure of EC005 from Escherichia coli

PDB-1je2:
Unknown entry

PDB-1je1:
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEX WITH GUANOSINE AND SULFATE

PDB-1je0:
CRYSTAL STRUCTURE OF 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH PHOSPHATE AND TRIS MOLECULE

PDB-1jez:
THE STRUCTURE OF XYLOSE REDUCTASE, A DIMERIC ALDO-KETO REDUCTASE FROM CANDIDA TENUIS

PDB-1jey:
Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA

PDB-1jex:
SOLUTION STRUCTURE OF A67V MUTANT OF RAT FERRO CYTOCHROME B5

ChemComp-D6V:
2-[(3S)-pyrrolidin-3-yl]-1H-benzimidazole

PDB-1jeq:
Crystal Structure of the Ku Heterodimer

PDB-1jer:
CUCUMBER STELLACYANIN, CU2+, PH 7.0

PDB-1jes:
Crystal Structure of a Copper-Mediated Base Pair in DNA

PDB-1jet:
OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KAK

ChemComp-PGF:
2,5,8,11-TETRAOXATRIDECANE / 2,5,8,11-テトラオキサトリデカン

PDB-1jeu:
OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KEK

PDB-1jev:
OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KWK

PDB-1jew:
CRYO-EM STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS B3(M STRAIN) WITH ITS CELLULAR RECEPTOR, COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR (CAR).

ChemComp-D8J:
2-amino-1,4-anhydro-2,5-dideoxy-5-[(4-fluorobenzene-1-carbonyl)amino]-D-arabinitol

PDB-1jep:
Chalcone Isomerase Complexed with 4'-hydroxyflavanone

PDB-1jeo:
Crystal Structure of the Hypothetical Protein MJ1247 from Methanococcus jannaschii at 2.0 A Resolution Infers a Molecular Function of 3-Hexulose-6-Phosphate isomerase.

PDB-1jen:
HUMAN S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE

PDB-1jem:
NMR STRUCTURE OF HISTIDINE PHOSPHORYLATED FORM OF THE PHOSPHOCARRIER HISTIDINE CONTAINING PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS, NMR, 25 STRUCTURES

ChemComp-D8P:
[(2S)-1,9-dimethyl-1,2,3,4,5,6-hexahydropyrido[2,3-b][1,5]diazocin-2-yl]methanol

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-D8V:
4-(2-{[methyl(prop-2-yn-1-yl)amino]methyl}-1,3-thiazol-4-yl)piperidin-4-ol

PDB-1jek:
Visna TM CORE STRUCTURE

PDB-1jej:
T4 phage apo BGT

PDB-1jfa:
Trichodiene Synthase from Fusarium Sporotrichioides

PDB-1jei:
LEM DOMAIN OF HUMAN INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN EMERIN

PDB-1jeh:
CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST E3, LIPOAMIDE DEHYDROGENASE

PDB-1jeg:
Solution structure of the SH3 domain from C-terminal Src Kinase complexed with a peptide from the tyrosine phosphatase PEP

PDB-1jef:
TURKEY LYSOZYME COMPLEX WITH (GLCNAC)3

由来
  • cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
キーワードTRANSFERASE / serine-threonine kinase / small molecules / ligand binding / fragment-based drug discovery / serine kinase / threonine kinase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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