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- PDB-1jeo: Crystal Structure of the Hypothetical Protein MJ1247 from Methano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jeo
タイトルCrystal Structure of the Hypothetical Protein MJ1247 from Methanococcus jannaschii at 2.0 A Resolution Infers a Molecular Function of 3-Hexulose-6-Phosphate isomerase.
要素HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247
キーワードISOMERASE / RuMP pathway / phosphosugar / 3-hexulose-6-phosphate isomerase / PHI / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-3-hexuloisomerase / 6-phospho-3-hexuloisomerase activity / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding
類似検索 - 分子機能
3-hexulose-6-phosphate isomerase / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 3-hexulose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Martinez-Cruz, L.A. / Dreyer, M.K. / Boisvert, D.C. / Yokota, H. / Martinez-Chantar, M.L. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of MJ1247 protein from M. jannaschii at 2.0 A resolution infers a molecular function of 3-hexulose-6-phosphate isomerase.
著者: Martinez-Cruz, L.A. / Dreyer, M.K. / Boisvert, D.C. / Yokota, H. / Martinez-Chantar, M.L. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2001年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8912
ポリマ－20,6981
非ポリマー1921
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5628
ポリマ－82,7944
非ポリマー7684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
Buried area16660 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.921, 68.155, 83.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations -X,-Y, Z X,-Y,-Z -X, Y,-Z

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247 / MJ1247


分子量: 20698.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: mj1247 / プラスミド: SJS1244 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58644
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 40% PEG 400, 0.1 M Tris/HCl, 0.2 M Sodium citrate, 10 mM betamercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140 %PEG4001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
30.2 Msodium citrate1reservoir
410 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 37198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.44 % / Biso Wilson estimate: 19.03 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.63 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 982 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 12655 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 37198 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MJ1247 model obtained from MAD data (selenomethionine-derivatized crystals)

解像度: 2→30 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESIDUES 1-3 ARE DISORDERED. HENCE, THE COORDINATES OF ITS SIDE CHAIN ARE NOT INCLUDED IN THE PDB FILE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 650 5.4 %RANDOM
Rwork0.1891 ---
all0.1903 ---
obs0.1903 11995 89.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.4695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.117 Å20 Å20 Å2
2--0.986 Å20 Å2
3---2.131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1423 0 13 72 1508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2-2.050.3816380.2876X-RAY DIFFRACTION738
2.05-2.110.2789560.2571X-RAY DIFFRACTION854
2.11-2.180.2717390.2436X-RAY DIFFRACTION904
2.18-2.260.3216380.225X-RAY DIFFRACTION930
2.26-2.350.2511430.2178X-RAY DIFFRACTION944
2.35-2.460.2873540.2197X-RAY DIFFRACTION916
2.46-2.590.1911590.1981X-RAY DIFFRACTION921
2.75-2.960.2438430.1932X-RAY DIFFRACTION946
3.26-3.730.201490.158X-RAY DIFFRACTION967
3.73-4.70.192540.1572X-RAY DIFFRACTION966
4.7-300.1822570.1658X-RAY DIFFRACTION1007
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.1891
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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