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万見
- PDB-1jen: HUMAN S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jen
タイトルHUMAN S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE
要素
  • PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (ALPHA CHAIN))
  • PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (BETA CHAIN))
キーワードS-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE / PYRUVOYL / GENE DUPLICATION / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / SANDWICH / ALLOSTERIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / Metabolism of polyamines / polyamine metabolic process / putrescine binding / spermidine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site / : / Adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase signature. / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site / : / Adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase signature. / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Ekstrom, J.L. / Mathews, I.I. / Stanley, B.A. / Pegg, A.E. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of human S-adenosylmethionine decarboxylase at 2.25 A resolution reveals a novel fold.
著者: Ekstrom, J.L. / Mathews, I.I. / Stanley, B.A. / Pegg, A.E. / Ealick, S.E.
履歴
登録1999年2月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (BETA CHAIN))
A: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (ALPHA CHAIN))
D: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (BETA CHAIN))
C: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (ALPHA CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9334
ポリマ－76,9334
非ポリマー00
水7,458414
1
B: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (BETA CHAIN))
A: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (ALPHA CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4672
ポリマ－38,4672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (BETA CHAIN))
C: PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (ALPHA CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4672
ポリマ－38,4672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.600, 55.800, 90.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.998116, 0.057715, 0.020825), (0.050397, 0.964757, -0.258273), (-0.034997, -0.256737, -0.965847)
ベクター: 89.2757, -7.2915, -37.1434)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (BETA CHAIN)) / ADOMETDC / SAMDC


分子量: 7694.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17707, adenosylmethionine decarboxylase
#2: タンパク質 PROTEIN (S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE (ALPHA CHAIN)) / ADOMETDC / SAMDC


分子量: 30772.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17707, adenosylmethionine decarboxylase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: 22 SELENIUM ATOMS LOCATED IN ASYMMETRIC UNIT
結晶化pH: 8 / 詳細: 12 - 16% PEG 8K, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.0, pH 8.00
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112-16 %PEG80001reservoir
210 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9791,0.9788,0.954
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年9月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97881
30.9541
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 169725 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 15.95 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 23.71
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 15 / Rsym value: 0.094 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
Num. obs: 33426 / % possible obs: 98.9 % / Num. measured all: 169725 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SnB位相決定
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1571 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs-31619 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4919 0 0 414 5333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 192 5 %
Rwork0.2255 3476 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.19
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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