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- PDB-4h18: Three dimensional structure of corynomycoloyl tranferase C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h18
タイトルThree dimensional structure of corynomycoloyl tranferase C
要素Cmt1
キーワードTRANSFERASE / alpha / beta hydrolase / mycoloyltransferase / trehalose O-mycolyltransferase / external membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.755 Å
データ登録者Huc, E. / de Sousa D'Auria, C. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Salmeron, C.H. / van Tilbeurgh, H. / Bayan, N. / Houssin, C.H. / Daffe, M. / Tropis, M.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Identification of a mycoloyl transferase selectively involved in o-acylation of polypeptides in corynebacteriales.
著者: Huc, E. / de Sousa-D'Auria, C. / de la Sierra-Gallay, I.L. / Salmeron, C. / van Tilbeurgh, H. / Bayan, N. / Houssin, C. / Daffe, M. / Tropis, M.
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cmt1
B: Cmt1
C: Cmt1
D: Cmt1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,4885
ポリマ－161,4644
非ポリマー241
水17,619978
1
A: Cmt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3661
ポリマ－40,3661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cmt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3661
ポリマ－40,3661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cmt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3661
ポリマ－40,3661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cmt1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3902
ポリマ－40,3661
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Cmt1

C: Cmt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7322
ポリマ－80,7322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area1310 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
6
D: Cmt1
ヘテロ分子

B: Cmt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7563
ポリマ－80,7322
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
7
C: Cmt1

B: Cmt1

A: Cmt1
D: Cmt1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,4885
ポリマ－161,4644
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area44680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.804, 190.688, 78.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-434-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cmt1 / Hypothetical esterase / Putative uncharacterized protein Cgl0343 / Trehalose corynomycolyl transferase


分子量: 40365.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC 13032 / 遺伝子: cmt1, Cmt1, cg0413, Cgl0343, WA5_0336 / プラスミド: pCGl482 / 発現宿主: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8NTG4, trehalose O-mycolyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.755→42.811 Å / Num. all: 128497 / Num. obs: 128495 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 22.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9.46
反射 シェル解像度: 1.755→1.86 Å / 冗長度: 3.91 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 20505 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VA5

1va5


解像度: 1.755→37.646 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 6424 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 128479 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.755→37.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9495 0 1 978 10474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38613435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0033483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081761
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.755-1.77480.28342050.23913902X-RAY DIFFRACTION97
1.7748-1.79570.26372130.22564049X-RAY DIFFRACTION100
1.7957-1.81760.27452140.20854058X-RAY DIFFRACTION100
1.8176-1.84060.25892110.19684020X-RAY DIFFRACTION100
1.8406-1.86480.2432140.19044059X-RAY DIFFRACTION100
1.8648-1.89030.25092110.18964012X-RAY DIFFRACTION100
1.8903-1.91730.2442150.18494076X-RAY DIFFRACTION100
1.9173-1.9460.24442130.17294056X-RAY DIFFRACTION100
1.946-1.97640.21632120.17274027X-RAY DIFFRACTION100
1.9764-2.00880.21262150.16784075X-RAY DIFFRACTION100
2.0088-2.04340.2212120.15914034X-RAY DIFFRACTION100
2.0434-2.08060.21492120.16064022X-RAY DIFFRACTION100
2.0806-2.12060.22122140.16254068X-RAY DIFFRACTION100
2.1206-2.16390.21122130.15964044X-RAY DIFFRACTION100
2.1639-2.21090.21162130.1594052X-RAY DIFFRACTION100
2.2109-2.26230.22192140.16124062X-RAY DIFFRACTION100
2.2623-2.31890.20132140.16224067X-RAY DIFFRACTION100
2.3189-2.38160.22140.15934078X-RAY DIFFRACTION100
2.3816-2.45160.21792140.16014064X-RAY DIFFRACTION100
2.4516-2.53080.21252150.16154074X-RAY DIFFRACTION100
2.5308-2.62120.20652140.16454064X-RAY DIFFRACTION100
2.6212-2.72610.2182140.16634075X-RAY DIFFRACTION100
2.7261-2.85010.21232150.16754082X-RAY DIFFRACTION100
2.8501-3.00030.19252150.16444091X-RAY DIFFRACTION99
3.0003-3.18820.19062150.16114090X-RAY DIFFRACTION99
3.1882-3.43420.18582180.15644129X-RAY DIFFRACTION99
3.4342-3.77960.19342150.154084X-RAY DIFFRACTION99
3.7796-4.32580.16512170.13444119X-RAY DIFFRACTION99
4.3258-5.44740.16692190.14084164X-RAY DIFFRACTION99
5.4474-37.65490.15912240.17014258X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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