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8E8D	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 60s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.09 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8C	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 30s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E85	Human DNA polymerase eta-DNA-rG-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mn2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.72 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8F	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 120s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.14 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8H	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 300s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.13 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8E	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 90s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.05 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E88	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8K	Human DNA polymerase eta-DNA-rC-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
7DOK	Structure of COVID-19 RNA-dependent RNA polymerase (extended conformation) bound to penciclovir 分子名称: MAGNESIUM ION, Non-structural protein 7, Non-structural protein 8, ... 著者 Li, Z, Yu, X. 登録日 2020-12-14 公開日 2021-12-15 最終更新日 2024-06-05 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.73 Å) 主引用文献 Structural basis for repurpose and design of nucleotide drugs for treating COVID-19 To Be Published
7DOI	Structure of COVID-19 RNA-dependent RNA polymerase bound to penciclovir. 分子名称: MAGNESIUM ION, Non-structural protein 7, Non-structural protein 8, ... 著者 Li, Z, Yu, X. 登録日 2020-12-14 公開日 2021-12-15 最終更新日 2024-06-05 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.6 Å) 主引用文献 Structural basis for repurpose and design of nucleotide drugs for treating COVID-19 To Be Published
5MJV	Rebuild and re-refined model for Human Parechovirus 1 分子名称: CAPSID SUBUNIT VP0, CAPSID SUBUNIT VP1, CAPSID SUBUNIT VP3, ... 著者 Shakeel, S, Dykeman, E.C, White, S.J, Ora, A, Cockburn, J.J.B, Butcher, S.J, Stockley, P.G, Twarock, R. 登録日 2016-12-01 公開日 2017-01-11 最終更新日 2024-01-17 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.09 Å) 主引用文献 Genomic RNA folding mediates assembly of human parechovirus. Nat Commun, 8, 2017
7CXM	Architecture of a SARS-CoV-2 mini replication and transcription complex 分子名称: Helicase, Non-structural protein 7, Non-structural protein 8, ... 著者 Yan, L, Zhang, Y, Ge, J, Zheng, L, Gao, Y, Wang, T, Jia, Z, Wang, H, Huang, Y, Li, M, Wang, Q, Rao, Z, Lou, Z. 登録日 2020-09-02 公開日 2020-11-04 最終更新日 2024-03-27 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.9 Å) 主引用文献 Architecture of a SARS-CoV-2 mini replication and transcription complex. Nat Commun, 11, 2020
7D6N	Crystal structure of tick-borne encephalitis virus RNA-dependent RNA polymerase 分子名称: MAGNESIUM ION, Tick-borne encephalitis virus RNA-dependent RNA polymerase, ZINC ION 著者 Yang, J, Jing, X, Gong, P. 登録日 2020-10-01 公開日 2020-12-23 最終更新日 2023-11-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.168 Å) 主引用文献 Crystal structure of tick-borne encephalitis virus Nucleic Acids Res., 2020
1IG9	Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase 分子名称: 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3', 5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*(DOC))-3', CALCIUM ION, ... 著者 Franklin, M.C, Wang, J, Steitz, T.A. 登録日 2001-04-17 公開日 2001-06-11 最終更新日 2023-08-16 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase Cell(Cambridge,Mass.), 105, 2001
5AOR	Structure of MLE RNA ADP AlF4 complex 分子名称: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP)-3', ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE, DOSAGE COMPENSATION REGULATOR, ... 著者 Prabu, J.R, Conti, E. 登録日 2015-09-11 公開日 2015-11-18 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.08 Å) 主引用文献 Structure of the RNA Helicase Mle Reveals the Molecular Mechanisms for Uridine Specificity and RNA-ATP Coupling. Mol.Cell, 60, 2015
6XP5	Head-Middle module of Mediator 分子名称: HEAT, Med22, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1, ... 著者 Zhang, H.Q, Chen, D.C, Kornberg, R.D. 登録日 2020-07-08 公開日 2021-03-03 最終更新日 2024-05-15 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.2 Å) 主引用文献 Mediator structure and conformation change. Mol.Cell, 81, 2021
6L42	Structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein 分子名称: MAGNESIUM ION, RNA polymerase 著者 Wang, P, Lou, Z. 登録日 2019-10-15 公開日 2020-05-13 最終更新日 2024-05-29 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 Structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein elucidates the mechanisms of viral transcription initiation. Nat Microbiol, 5, 2020
3O2S	Crystal structure of the human symplekin-Ssu72 complex 分子名称: PHOSPHATE ION, RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72, Symplekin 著者 Tong, L, Xiang, K. 登録日 2010-07-22 公開日 2010-10-06 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Crystal structure of the human symplekin-Ssu72-CTD phosphopeptide complex. Nature, 467, 2010
7Z1K	Crystal structure of the SPOC domain of human SHARP (SPEN) in complex with RNA polymerase II CTD heptapeptide phosphorylated on Ser5 分子名称: Msx2-interacting protein, SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP 著者 Appel, L, Grishkovskaya, I, Slade, D, Djinovic-Carugo, K. 登録日 2022-02-24 公開日 2022-12-07 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.55 Å) 主引用文献 The SPOC domain is a phosphoserine binding module that bridges transcription machinery with co- and post-transcriptional regulators. Nat Commun, 14, 2023
6V8P	Structure of DNA Polymerase Zeta (Apo) 分子名称: DNA polymerase delta small subunit, DNA polymerase delta subunit 3, DNA polymerase zeta catalytic subunit, ... 著者 Malik, R, Gomez-Llorente, Y, Ubarretxena-Belandia, I, Aggarwal, A.K. 登録日 2019-12-11 公開日 2020-08-19 最終更新日 2024-03-06 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.1 Å) 主引用文献 Structure and mechanism of B-family DNA polymerase zeta specialized for translesion DNA synthesis. Nat.Struct.Mol.Biol., 27, 2020
8U3B	Cryo-EM structure of E. coli NarL-transcription activation complex at 3.2A 分子名称: DNA (69-MER), DNA-directed RNA polymerase subunit alpha, DNA-directed RNA polymerase subunit beta, ... 著者 Liu, B, Kompaniiets, D, Wang, D. 登録日 2023-09-07 公開日 2024-01-17 最終更新日 2024-02-21 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.23 Å) 主引用文献 Structural basis for transcription activation by the nitrate-responsive regulator NarL. Nucleic Acids Res., 52, 2024
7CXN	Architecture of a SARS-CoV-2 mini replication and transcription complex 分子名称: Helicase, Non-structural protein 7, Non-structural protein 8, ... 著者 Yan, L, Zhang, Y, Ge, J, Zheng, L, Gao, Y, Wang, T, Jia, Z, Wang, H, Huang, Y, Li, M, Wang, Q, Rao, Z, Lou, Z. 登録日 2020-09-02 公開日 2020-11-04 最終更新日 2024-03-27 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.84 Å) 主引用文献 Architecture of a SARS-CoV-2 mini replication and transcription complex. Nat Commun, 11, 2020
1XC9	Structure of a high-fidelity polymerase bound to a benzo[a]pyrene adduct that blocks replication 分子名称: 1,2,3-TRIHYDROXY-1,2,3,4-TETRAHYDROBENZO[A]PYRENE, DNA polymerase I, DNA primer strand, ... 著者 Hsu, G.W, Huang, X, Luneva, N.P, Geacintov, N.E, Beese, L.S. 登録日 2004-09-01 公開日 2004-12-14 最終更新日 2023-08-23 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Structure of a High Fidelity DNA Polymerase Bound to a Benzo[a]pyrene Adduct That Blocks Replication J.Biol.Chem., 280, 2005
1ZJM	Human DNA Polymerase beta complexed with DNA containing an A-A mismatched primer terminus 分子名称: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*A)-3', 5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3', DNA polymerase beta, ... 著者 Batra, V.K, Beard, W.A, Shock, D.D, Pedersen, L.C, Wilson, S.H. 登録日 2005-04-29 公開日 2005-08-16 最終更新日 2023-08-23 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Nucleotide-induced DNA polymerase active site motions accommodating a mutagenic DNA intermediate. STRUCTURE, 13, 2005
3EYZ	Cocrystal structure of Bacillus fragment DNA polymerase I with duplex DNA (open form) 分子名称: 5'-D(*DAP*DTP*DGP*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DAP*DGP*DGP*DA)-3', 5'-D(*DCP*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DGP*DC)-3', DNA polymerase I, ... 著者 Warren, J.J, Wu, E.Y, Golosov, A.A, Karplus, M, Beese, L.S. 登録日 2008-10-22 公開日 2009-11-10 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 The Mechanism of the Translocation Step in DNA Replication by DNA Polymerase I: A Computer Simulation Analysis. Structure, 18, 2010

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