PDB-4pbq: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pbq

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE RdAW (HICG_00826, TARGET EFI-510123) WITH BOUND L-GULONATE

要素

Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY /

ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / L-gulonate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.4	2015年8月26日	Group: Data collection
改定 1.5	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.6	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pbq.cif.gz	577 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pbq.ent.gz	483.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/4pbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/4pbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vpo-2 4xeq-4 4x8r-1 2vpn-1 5i7i-1 4mni-d 4p9k-d 6xoe-d 2pfy-2 2vpn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510123

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

B: Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

C: Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

116 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	133.449, 76.537, 112.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-541- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Putative TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN 分子量: 38276.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: RdAW / 遺伝子: HICG_00826 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9MHP2

-
非ポリマー , 5種, 1382分子

#2: 化合物	ChemComp-2UF / L-gulonate / L-グロン酸分子量: 196.155 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₇
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (23.86 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM L-Gulonate); Reservoir (0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30 %(w/v) PEG 5000 MME); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% diethylene glycol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月21日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→103.2 Å / Num. obs: 121100 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 564467 / Scaling rejects: 3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
1.65-1.68	4.4	0.719	2.1	26012	5873	0.382	95.3
9.04-103.2	4	0.061	21.4	2954	739	0.033	90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→37.111 Å / FOM work R set: 0.8932 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1837	11938	5.03 %	Random Selection
R_work	0.1474	225248	-	-
obs	0.1493	237186	96.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.07 Å² / B_iso mean: 18.87 Å² / B_iso min: 2.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→37.111 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7454	0	92	1371	8917
B_iso mean	-	-	15	31.02	-
残基数	-	-	-	-	912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7814
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.179	10560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1131
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.424	3022

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6687	0.2841	381	0.2585	7379	7760	94
1.6687-1.6884	0.2914	367	0.2561	7289	7656	94
1.6884-1.709	0.2467	381	0.2389	7470	7851	95
1.709-1.7306	0.2561	390	0.2351	7299	7689	95
1.7306-1.7534	0.2559	406	0.2278	7379	7785	95
1.7534-1.7774	0.268	373	0.2249	7411	7784	94
1.7774-1.8028	0.2411	402	0.2139	7333	7735	96
1.8028-1.8297	0.2299	408	0.2029	7481	7889	95
1.8297-1.8583	0.246	403	0.1965	7323	7726	95
1.8583-1.8888	0.2102	372	0.1841	7458	7830	96
1.8888-1.9213	0.215	410	0.1687	7563	7973	96
1.9213-1.9563	0.189	444	0.1626	7361	7805	96
1.9563-1.9939	0.217	339	0.1683	7590	7929	97
1.9939-2.0346	0.2123	371	0.1518	7533	7904	97
2.0346-2.0788	0.1844	404	0.1412	7630	8034	97
2.0788-2.1272	0.1958	420	0.1394	7437	7857	97
2.1272-2.1804	0.1851	400	0.1325	7538	7938	97
2.1804-2.2393	0.1604	399	0.1205	7493	7892	97
2.2393-2.3052	0.1573	416	0.1192	7570	7986	97
2.3052-2.3796	0.1638	371	0.1232	7630	8001	97
2.3796-2.4646	0.1736	419	0.1242	7560	7979	97
2.4646-2.5633	0.1497	406	0.1194	7639	8045	98
2.5633-2.6799	0.182	369	0.1246	7611	7980	98
2.6799-2.8211	0.163	411	0.1299	7596	8007	98
2.8211-2.9978	0.1942	401	0.1405	7623	8024	98
2.9978-3.2292	0.1579	408	0.1409	7670	8078	98
3.2292-3.5539	0.1599	381	0.1372	7653	8034	98
3.5539-4.0676	0.1487	416	0.12	7652	8068	98
4.0676-5.1226	0.1506	458	0.1139	7643	8101	99
5.1226-37.1205	0.1983	412	0.1695	7434	7846	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.993	-0.0959	-0.2581	0.8658	0.0083	1.044	0.0453	-0.008	-0.0021	-0.0693	-0.0234	-0.1437	0.0419	0.0814	-0.0167	0.0622	0.0121	0.0086	0.0266	-0.0004	0.0687	22.6668	0.4138	22.4766
2	1.0959	0.0348	-0.0213	0.9372	0.0462	0.8264	0.0179	0.1007	-0.1115	-0.0368	-0.0215	0.0704	0.1393	-0.1776	0.019	0.082	-0.0023	-0.0174	0.0291	0.0083	0.0602	7.9353	-4.4875	24.7661
3	0.7564	0.022	0.0562	1.1719	-0.0222	1.1751	-0.0189	-0.0995	-0.0554	0.1042	0.0331	0.0556	-0.0486	-0.0523	-0.0097	0.0779	0.0009	0.0026	0.0585	0.0181	0.0685	5.1628	2.3254	35.5809
4	0.8503	-0.0743	-0.6915	0.6052	-0.0271	1.8531	-0.0272	-0.0296	-0.1408	-0.0015	0.0117	-0.1049	0.133	0.1123	-0.0292	0.0951	0.0212	-0.0044	0.0463	-0.0027	0.0858	23.9797	-7.4945	23.1038
5	1.1647	-0.0458	0.4471	0.6928	0.7336	1.4648	0.0346	-0.1218	-0.2759	0.0147	-0.1092	0.122	-0.0031	-0.3441	0.0449	0.1261	-0.0447	-0.0209	0.1197	0.0468	0.1914	-3.7356	-7.8881	29.6984
6	1.1464	-1.2836	0.4477	3.6199	-1.0324	0.8235	0.0984	0.0628	-0.152	-0.9425	0.0973	0.3575	0.3681	-0.3127	0.0016	0.296	-0.0541	-0.0741	0.1956	-0.0387	0.2195	2.0925	-11.0479	10.8083
7	1.0937	0.3669	-0.3439	1.0063	-0.3228	1.4424	0.0081	0.1646	0.1367	-0.0706	0.1043	0.1045	-0.1666	-0.2263	-0.0761	0.0903	0.0064	0.0122	0.0978	0.0267	0.1107	22.5414	37.9033	13.2696
8	1.0986	0.1836	-0.2161	0.7187	-0.3704	1.2729	-0.0306	-0.0187	-0.0201	-0.0349	-0.0164	-0.1274	0.055	0.1178	-0.0001	0.0763	-0.0111	0.0186	0.0777	-0.012	0.1081	34.5095	24.6365	20.5067
9	1.7935	0.4155	0.6357	0.7288	-0.3456	1.405	-0.0422	0.1044	0.06	-0.0938	-0.0557	-0.2012	0.039	0.4797	0.0399	0.1055	-0.0134	0.0363	0.1354	0.0131	0.1489	41.5071	29.9445	16.9822
10	0.3451	0.0823	-0.0745	0.4533	-0.1294	0.6989	0.0323	-0.0675	0.0665	0.072	-0.0457	-0.0843	-0.0994	0.0794	0.0165	0.0772	-0.0267	0.0034	0.0787	-0.014	0.0879	31.7058	30.2461	25.0065
11	1.3478	0.2613	0.214	0.9617	0.0462	1.5281	0.0048	-0.287	-0.185	0.2027	0.0463	-0.0605	0.0456	-0.0255	-0.0551	0.0914	0.0038	-0.0219	0.112	0.0138	0.0888	27.5078	16.7444	36.6667
12	1.3054	0.3192	-0.0996	0.8309	-0.4041	0.5984	0.0851	-0.0873	0.1074	0.1423	-0.0111	0.034	-0.1802	-0.0048	-0.0518	0.106	-0.0086	0.0036	0.085	-0.0225	0.0853	21.9137	27.1728	35.7128
13	0.7359	0.1149	-0.1725	0.7446	-0.5197	1.8286	0.0336	-0.0102	0.1459	0.0537	0.014	-0.0079	-0.3118	0.0885	-0.0187	0.1136	-0.0323	0.0338	0.056	-0.0118	0.122	31.2837	39.2447	17.6256
14	1.408	-0.1335	-0.1227	0.9515	-0.7133	1.337	-0.0344	-0.2627	-0.0371	0.1804	-0.0151	-0.1649	-0.02	0.2354	0.0329	0.149	-0.0265	-0.0609	0.181	-0.0145	0.1609	37.5516	21.1006	38.5223
15	1.7391	2.2209	0.8353	3.8423	1.261	1.1716	-0.026	0.1896	-0.2894	0.1	0.1892	-0.5385	0.1836	0.3426	-0.0665	0.1106	0	-0.0013	0.2734	0.0025	0.2513	48.8153	21.5602	22.1588
16	1.273	0.0721	0.3762	0.986	-0.0134	2.1018	0.0241	-0.0214	-0.062	-0.0772	-0.0722	0.1906	0.3371	-0.0725	0.049	0.1015	0.0137	-0.0271	0.1066	-0.0025	0.1019	-11.7227	15.5466	18.4725
17	0.6098	-0.3332	-0.141	0.5545	-0.3048	1.6197	0.0266	-0.027	-0.084	-0.1834	-0.0774	-0.026	0.2478	0.0712	0.0032	0.1445	0.0458	-0.0138	0.0942	0.0076	0.0731	-2.501	14.1266	19.6046
18	0.8426	0.0724	0.1015	0.5231	-0.3166	1.0075	-0.0232	0.0073	0.1457	-0.1466	-0.0614	-0.0749	-0.111	0.0353	0.0508	0.0628	0.0228	-0.0114	0.0896	0.0106	0.1121	-0.0546	32.438	22.6489
19	0.7493	-0.2155	0.3639	0.7932	-0.1465	0.6786	-0.0039	0.1454	0.2183	-0.1148	-0.0811	0.0345	-0.1845	-0.0432	0.0656	0.0821	0.0205	-0.0196	0.1265	0.0093	0.1376	-5.5989	33.2694	18.7179
20	0.8379	-0.2564	0.3091	1.436	0.0836	0.9542	-0.1029	-0.1639	0.2614	0.1883	-0.0849	-0.027	-0.2666	-0.0276	-0.0331	0.1525	0.0199	-0.0438	0.09	-0.0693	0.1376	1.2442	36.2198	41.3486
21	0.6731	-0.0101	0.3422	0.8791	0.0323	1.2883	-0.0037	-0.1387	0.0375	0.1237	-0.0304	0.1536	0.0194	-0.3012	0.0106	0.0777	0.0135	0.0161	0.1519	-0.0526	0.1028	-6.7769	27.4962	40.6493
22	1.0715	0.3546	0.2141	0.9304	0.0109	1.3607	0.0125	-0.0659	0.1482	-0.1503	-0.0582	0.1905	-0.0388	-0.1169	0.0105	0.0479	0.0369	-0.0336	0.1137	-0.0099	0.1054	-11.4777	23.8466	17.2026
23	0.8535	0.1195	0.3828	1.0524	-0.1932	1.8366	-0.1295	-0.0118	0.241	0.1746	-0.0598	0.0292	-0.5195	-0.2031	0.0773	0.2133	0.0548	-0.0622	0.0904	-0.057	0.2681	-4.6934	44.264	36.1571
24	3.2058	0.4197	0.3402	0.7987	0.0137	0.6869	-0.0285	0.1212	0.7174	-0.0887	-0.0684	-0.2202	-0.3133	0.0752	0.0379	0.2685	-0.022	-0.0576	0.1447	0.0472	0.3129	-0.0498	46.2313	17.1241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 112 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 172 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 173 through 233 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 234 through 283 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 284 through 313 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 314 through 328 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 82 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 83 through 112 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 113 through 135 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 136 through 152 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 153 through 190 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 191 through 233 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 234 through 283 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 284 through 313 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 314 through 328 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 25 through 55 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 56 through 82 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 83 through 112 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 113 through 152 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 153 through 190 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 191 through 233 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 234 through 283 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 284 through 313 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 314 through 328 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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