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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bbv | ||||||
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タイトル | The PB0 Photocycle Intermediate of Photoactive Yellow Protein | ||||||
要素 | PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR / LIGHT SENSOR (光検出器) / CHROMOPHORE (発色団) / PHOTORECEPTOR PROTEIN / RECEPTOR (受容体) / SENSORY TRANSDUCTION / PAS / LOV | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HALORHODOSPIRA HALOPHILA (紅色硫黄細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Schotte, F. / Cho, H.S. / Kaila, V.R.I. / Kamikubo, H. / Dashdorj, N. / Henry, E.R. / Graber, T.J. / Henning, R. / Wulff, M. / Hummer, G. ...Schotte, F. / Cho, H.S. / Kaila, V.R.I. / Kamikubo, H. / Dashdorj, N. / Henry, E.R. / Graber, T.J. / Henning, R. / Wulff, M. / Hummer, G. / Kataoka, M. / Anfinrud, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Watching a Signaling Protein Function in Real Time Via 100-Ps Time-Resolved Laue Crystallography. 著者: Schotte, F. / Cho, H.S. / Kaila, V.R.I. / Kamikubo, H. / Dashdorj, N. / Henry, E.R. / Graber, T.J. / Henning, R. / Wulff, M. / Hummer, G. / Kataoka, M. / Anfinrud, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bbv.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bbv.ent.gz | 29 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/4bbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/4bbv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HALORHODOSPIRA HALOPHILA (紅色硫黄細菌) プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16113 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HC4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 1.0 M SODIUM CHLORIDE, AND 10 MM SODIUM DIDEUTERIUM PHOSPHATE, 10 MM DISODIUM DEUTERIUM PHOSPHATE, PH 9.0, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, MICROSEEDING, TEMPERATURE 295 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.96-1.30 | |||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→13.28 Å / Num. obs: 10605 / % possible obs: 50 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 12.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 5.1 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.6→13.285 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 0 / 位相誤差: 43.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 6.812 Å2 / ksol: 0.126 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→13.285 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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