PDB-3umd: Structure of pB intermediate of Photoactive yellow protein (PYP) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3umd

タイトル

Structure of pB intermediate of Photoactive yellow protein (PYP) at pH 4.

要素

Photoactive yellow protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Photoreceptor / Signal Transduction

機能・相同性

機能・相同性情報

photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tripathi, S. / Srajer, V. / Purwar, N. / Henning, R. / Schmidt, M.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2012
タイトル: pH Dependence of the Photoactive Yellow Protein Photocycle Investigated by Time-Resolved Crystallography.
著者: Tripathi, S. / Srajer, V. / Purwar, N. / Henning, R. / Schmidt, M.

履歴

登録	2011年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3umd.cif.gz	38.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3umd.ent.gz	25.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3umd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3umd_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3umd_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	3umd_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	3umd_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3umd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3umd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3umeC 2phyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1s4r-d 4wl9-d 2pyp-d 1t1a-d 4bbv-d 2pyr-d 6p5f-d 5hd3-d 6p5g-d 6p4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Photoactive yellow protein

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.900, 66.900, 40.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Photoactive yellow protein / PYP 分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 3 M Ammonium Sulfate, 50 mM Sodium Phosphate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.0 - 1.2

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD

放射

プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.2	1

反射

解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 10000 / Num. obs: 10000 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XFIT		データ削減
CNS	1.1	精密化
Precognition		データ削減
Epinorm		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2PHY

2phy

解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 2

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.2379	500	Random
R_work	0.1958	-	-
all	-	10000	-
obs	-	10000	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	976	0	11	89	1076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005953
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.51296

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.86 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3142	39	-
R_work	0.2714	-	-
obs	-	951	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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