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万見
- PDB-1s4s: Reaction Intermediate in the Photocycle of PYP, intermediate occu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s4s
タイトルReaction Intermediate in the Photocycle of PYP, intermediate occupied between 100 micro-seconds to 5 milli-seconds
要素Photoactive yellow protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / reaction intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schmidt, M. / Pahl, R. / Srajer, V. / Anderson, S. / Ren, Z. / Ihee, H. / Rajagopal, S. / Moffat, K.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Protein kinetics: Structures of intermediates and reaction mechanism from time-resolved x-ray data
著者: Schmidt, M. / Pahl, R. / Srajer, V. / Anderson, S. / Ren, Z. / Ihee, H. / Rajagopal, S. / Moffat, K.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2003
タイトル: Application of singular value decomposition to the analysis of time-resolved macromolecular x-ray data
著者: Schmidt, M. / Rajagopal, S. / Ren, Z. / Moffat, K.
履歴
登録2004年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0532
ポリマ－13,8891
非ポリマー1641
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 66.900, 40.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammoniumsulphate, Potassium Phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
22881
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-ID-B11.0-1.5
シンクロトロンAPS 14-ID-B21.0-1.5
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2000年12月1日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年12月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2LAUELneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.51
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 8326 / Num. obs: 8326 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
KB_SCANデータ収集
LaueViewデータ削減
SVD4TXデータ削減
XTALVIEW精密化
CNS精密化
KB_SCANデータ削減
LaueViewデータスケーリング
SVD4TXデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2phy

2phy


解像度: 1.9→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residue 69 consits of Cys69 and the attached chromophore hydroxy-cinnamic acid. Dihedral of atoms O1 (carbonyl oxygen of chromophore), C1, C2 and C3 was inititally restrained to 0 deg (cis ...詳細: Residue 69 consits of Cys69 and the attached chromophore hydroxy-cinnamic acid. Dihedral of atoms O1 (carbonyl oxygen of chromophore), C1, C2 and C3 was inititally restrained to 0 deg (cis planar). The restraint was reset to zero in the last cycle, the angle refined to 22 deg.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 457 5 %
Rwork0.2446 --
obs0.2446 8326 -
all-8326 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 0 11 89 1166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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