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- PDB-3tlf: Crystal structure of an enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tlf
タイトルCrystal structure of an enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium paratuberculosis
要素enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / otholog / enoyl-CoA isomerase/hydratase family protein / fatty acid biosynthesis (脂肪酸の合成) / metabolism (代謝) / unsaturated fatty acids
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase activity
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (ヨーネ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: enoyl-CoA hydratase/isomerase
D: enoyl-CoA hydratase/isomerase
E: enoyl-CoA hydratase/isomerase
F: enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,37517
ポリマ－182,6926
非ポリマー68311
水16,754930
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35610 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area49610 Å2
手法PISA
2
A: enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6568
ポリマ－91,3463
非ポリマー3105
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area29270 Å2
手法PISA
3
D: enoyl-CoA hydratase/isomerase
E: enoyl-CoA hydratase/isomerase
F: enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7189
ポリマ－91,3463
非ポリマー3726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13300 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area29770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.740, 140.500, 148.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 30448.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (ヨーネ菌)
遺伝子: MAP_2398 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73XB1, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MypaA.01530.c.A1 PW29510 at 27.56 mg/mL against PACT C10, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0, 20% PEG 6000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 217910c10, VAPOR ...詳細: MypaA.01530.c.A1 PW29510 at 27.56 mg/mL against PACT C10, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0, 20% PEG 6000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 217910c10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 89246 / Num. obs: 88344 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 31.403 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19.15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.15-2.210.4685.2567272651699.9
2.21-2.270.4646.0555682612496.4
2.27-2.330.4416.0767039601596.9
2.33-2.40.3288.12734416009100
2.4-2.480.2979.4779983580799.8
2.48-2.570.27310.4581917563999.8
2.57-2.670.25811.3177921545399.7
2.67-2.780.22412.6475469525199.7
2.78-2.90.17614.5673426501999.9
2.9-3.040.13418.1670814483099.7
3.04-3.210.11820.3967496460699.7
3.21-3.40.09525.563026432599.2
3.4-3.630.09329.6456134407499.3
3.63-3.930.07236.5948568380098.4
3.93-4.30.05743.1548647347998.3
4.3-4.810.0548.4544796317498.5
4.81-5.550.05641.2540704284198.6
5.55-6.80.06636.2734323240298.9
6.8-9.620.04450.626080189898.2
9.620.03859.3513510108295.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.6 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å24.12 Å
Translation3 Å24.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3r0o

3r0o


解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.1848 / WRfactor Rwork: 0.1542 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8591 / SU B: 8.636 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.2478 / SU Rfree: 0.1861 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 4427 5 %RANDOM
Rwork0.1813 ---
obs0.1831 88343 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.52 Å2 / Biso mean: 25.8369 Å2 / Biso min: 10.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11746 0 44 930 12720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01912054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.028045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.95616407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.522319512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62851529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32622.981540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18151903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.58315117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21897
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02113541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022492
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 308 -
Rwork0.193 5826 -
all-6134 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1404-0.04570.06610.3423-0.22130.19910.0323-0.0148-0.007-0.0849-0.02640.00260.03540.0132-0.00580.10380.0201-0.0010.02740.00270.00610.6414-10.834435.8365
20.09140.1299-0.03740.2095-0.14510.6702-0.0042-0.0097-0.0016-0.01390.0102-0.0119-0.0763-0.1649-0.00610.07230.04750.00660.07120.00090.0121-15.560415.46644.4629
30.1327-0.22890.05530.4489-0.16580.2996-0.00940.02560.0460.0494-0.054-0.1333-0.05250.0320.06340.076-0.0289-0.02430.01460.01910.074815.964914.201647.8689
40.3358-0.0212-0.04270.2354-0.16980.3376-0.06030.0286-0.1008-0.04210.039-0.0450.01790.00080.02130.0554-0.00980.01410.0327-0.01750.06-3.2142-23.993566.6909
50.1436-0.0778-0.00220.3769-0.05310.0906-0.01120.00540.02310.0363-0.0185-0.0993-0.0478-0.01270.02970.0595-0.0059-0.02450.02990.00480.055412.03080.072979.4185
60.19750.19160.0870.24960.04010.3565-0.0017-0.0133-0.005-0.0233-0.00120.0204-0.0839-0.12270.00290.06740.05770.00420.07050.00810.0242-19.92012.023976.6437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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