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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yni | ||||||
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タイトル | HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with inhibitor GSK952 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / NNRTI (逆転写酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / ウイルスのライフサイクル / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. ...Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. / Weaver, K. / Mathis, A. / Peat, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012 タイトル: Rational Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase. 著者: Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. / Weaver, K. / Mathis, A. / Peat, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yni.cif.gz | 220.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yni.ent.gz | 172.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64895.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 52238.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 588-1015 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04585 |
-非ポリマー , 4種, 381分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#4: 化合物 | ChemComp-TAR / |
#5: 化合物 | ChemComp-CXD / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 100MM HEPES PH 7.5, 10MM SPERMIDINE, 1.1M SODIUM POTASSIUM TARTRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月30日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSING MIRROR. |
放射 | モノクロメーター: DCM WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITTALLY BENT 2ND プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→40 Å / Num. obs: 50530 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.96 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YNG 解像度: 2.49→39.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 8.656 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.108 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→39.13 Å
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拘束条件 |
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