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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a6k | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the germline antibody 36-65 Fab in complex with the dodecapeptide SLGDNLTNHNLR | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobulin fold / Fab-peptide complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sethi, D.K. / Agarwal, A. / Manivel, V. / Rao, K.V. / Salunke, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2006 タイトル: Differential epitope positioning within the germline antibody paratope enhances promiscuity in the primary immune response. 著者: Sethi, D.K. / Agarwal, A. / Manivel, V. / Rao, K.V. / Salunke, D.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE SEQUENCE IS NOT DEPOSITED IN ANY SEQUENCE DATABASE EXCEPT RESIDUES 1 TO 120 OF CHAINS ...SEQUENCE THE SEQUENCE IS NOT DEPOSITED IN ANY SEQUENCE DATABASE EXCEPT RESIDUES 1 TO 120 OF CHAINS B,H WHICH CORRESPOND TO DEPOSITED SEQUENCE OF THE HEAVY CHAIN VARIABLE REGION OF ANTI-ARSONATE ANTIBODY 36-65 |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a6k.cif.gz | 173.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a6k.ent.gz | 144 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a6k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a6k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23707.049 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mouse monoclonal / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23942.768 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mouse monoclonal / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6PF95 #3: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1355.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 20% PEG 8000, cacodylate, azide, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 19662 / Num. obs: 19662 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.04 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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