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- PDB-7s50: Serial Macromolecular Crystallography at ALBA Synchrotron Light S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s50
タイトルSerial Macromolecular Crystallography at ALBA Synchrotron Light Source - Phycocyanin
要素(C-phycocyanin ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / Serial Crystallography / LCP Injection
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdbury, S. ...Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdbury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / Spence, J. / Fromme, P. / Zatsepin, N. / Boer, R. / Carpena, X.
資金援助2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306
Other government2019-T1BMD-15552
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2022
タイトル: Serial macromolecular crystallography at ALBA Synchrotron Light Source.
著者: Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdhury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / ...著者: Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdhury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / Spence, J. / Fromme, P. / Zatsepin, N. / Boer, D.R. / Carpena, X.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年2月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4987
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,8255
水77543
1
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,98742
ポリマ－214,04012
非ポリマー10,94730
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area63170 Å2
ΔGint-630 kcal/mol
Surface area69670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.500, 188.500, 61.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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C-phycocyanin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: cpcA, tlr1958
発現宿主: Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: cpcB, tlr1957
発現宿主: Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: P50033

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非ポリマー , 4種, 48分子

#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / 詳細: 75 mM HEPES pH 7.0, 20 mM MgCl2, 9% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.8 Å / Num. obs: 24059 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3023 % / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / CC1/2: 0.9968 / CC star: 0.9992 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 712 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2370 / CC1/2: 0.0458 / CC star: 0.296 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: LCP Injection / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionInjector diameter: 5.0E-5 µm
Serial crystallography data reductionFrames total: 753533 / Lattices indexed: 152142

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFELv0.10.0データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UVK

5uvk


解像度: 2.1→43.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 17.535 / SU ML: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34685 1185 4.9 %RANDOM
Rwork0.30474 ---
obs0.30684 22830 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.334 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.13 Å2-0 Å2
2---0.25 Å2-0 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 140 43 2671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0172669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0192535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8391.8613630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9122.6475789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0925330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70920.828145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05515407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8351517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4835.4221332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4835.4221332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.838.131658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8298.1311659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3495.4671336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3495.4661335
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6048.191973
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.5965.8293021
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.43865.8063019
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1453 78 -
Rwork0.1396 1530 -
obs--90.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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