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- PDB-5mjm: Single-shot pink beam serial crystallography: Phycocyanin (Five c... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mjm | ||||||
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Title | Single-shot pink beam serial crystallography: Phycocyanin (Five chips merged) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / Phycocyanin / Serial Crystallography / Pink beam | ||||||
Function / homology | ![]() phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Meents, A. / Oberthuer, D. / Lieske, J. / Srajer, V. / Sarrou, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Pink-beam serial crystallography. Authors: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / ...Authors: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / Ogata, C.M. / Kissick, D.J. / Taft, M.H. / Manstein, D.J. / Lieske, J. / Oberthuer, D. / Fischetti, R.F. / Chapman, H.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 197.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 162.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5mjlC ![]() 5mjpC ![]() 5mjqC ![]() 5o7mC ![]() 1jboS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 17456.631 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Variant: BP-1 / Strain: BP-1 / References: UniProt: P50032 | ||
---|---|---|---|
#2: Protein | Mass: 18216.652 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N73X / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Variant: BP-1 / Strain: BP-1 / References: UniProt: P50033 | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: liquid diffusion / Details: Ammonium sulphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX340-HS / Detector: CCD / Date: Jul 9, 2016 | |||||||||
Radiation | Protocol: LAUE / Monochromatic (M) / Laue (L): L / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→14.92 Å / Num. obs: 12168 / % possible obs: 68.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Redundancy: 1 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 47.2 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Num. measured obs: 6138 / Num. unique all: 517 / % possible all: 0.23 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1JBO Resolution: 2.302→14.917 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.74 / Phase error: 13.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.302→14.917 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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