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- PDB-1gh0: CRYSTAL STRUCTURE OF C-PHYCOCYANIN FROM SPIRULINA PLATENSIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gh0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF C-PHYCOCYANIN FROM SPIRULINA PLATENSIS
要素
  • C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
  • C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
キーワードPHOTOSYNTHESIS / C-phycocyanin from Spirulina platensis
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrospira platensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liang, D.-C. / Chang, W.-R. / Wang, X.-Q.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of C-phycocyanin from Spirulina platensis at 2.2 A resolution: a novel monoclinic crystal form for phycobiliproteins in phycobilisomes.
著者: Wang, X.Q. / Li, L.N. / Chang, W.R. / Zhang, J.P. / Gui, L.L. / Guo, B.J. / Liang, D.C.
履歴
登録2000年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
C: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
D: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
E: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
F: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
G: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
H: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
I: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
J: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
K: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
L: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
M: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
N: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
O: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
P: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
Q: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
R: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
S: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
T: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
U: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
V: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
W: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
X: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,48960
ポリマ－428,29624
非ポリマー21,19336
水17,024945
1
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
C: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
D: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
E: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
F: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
G: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
H: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
I: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
J: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
K: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
L: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,74530
ポリマ－214,14812
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61900 Å2
ΔGint-546 kcal/mol
Surface area68190 Å2
手法PISA
2
M: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
N: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
O: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
P: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
Q: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
R: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
S: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
T: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
U: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
V: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
W: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
X: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,74530
ポリマ－214,14812
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61830 Å2
ΔGint-550 kcal/mol
Surface area68160 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area125000 Å2
ΔGint-1103 kcal/mol
Surface area135090 Å2
手法PISA
4
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
C: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
D: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
E: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
F: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
G: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
H: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
I: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
J: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
K: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
L: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子

M: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
N: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
O: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
P: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
Q: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
R: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
S: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
T: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
U: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
V: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
W: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
X: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,48960
ポリマ－428,29624
非ポリマー21,19336
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area125570 Å2
ΔGint-1107 kcal/mol
Surface area134520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.0, 117.5, 185.0
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.3, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT


分子量: 17602.820 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arthrospira platensis (バクテリア) / 参照: UniProt: P72509
#2: タンパク質
C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT


分子量: 18088.520 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arthrospira platensis (バクテリア) / 参照: UniProt: P72508
#3: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: vapor diffusion/hanging drop / pH: 6.8
詳細: pH 6.8, vapour diffusion/hanging drop, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16.5 mg/mlprotein1drop
2100 mMphosphate1drop
38 %(v/v)satammonium sulfate1drop
43 %(v/v)sat1dropNaCl
51.25 %(v/v)MPD1drop
625 %(v/v)satammonium sulfate1reservoir
7100 mMphosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / タイプ: PHOTON FACTORY / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 296302 / % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Num. unique all: 18524 / % possible all: 88.8
反射
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.4 % / Num. unique obs: 14756 / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 9858 -
Rwork0.189 --
obs-215682 91.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30000 0 1548 945 32493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.291 / Num. reflection obs: 14756 / Rfactor obs: 0.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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