+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tou | ||||||
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Title | STRUCTURE OF C-PHYCOCYANIN FROM ARCTIC PSEUDANABAENA SP. LW0831 | ||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS / LIGHT-HARVERSTING PIGMENT PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudanabaena sp. lw0831 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Wang, Q.M. / Li, C.Y. / Su, H.N. / Zhang, Y.Z. / Xie, B.B. | ||||||
Citation | Journal: Biochim. Biophys. Acta / Year: 2017 Title: Structural insights into the cold adaptation of the photosynthetic pigment-protein C-phycocyanin from an Arctic cyanobacterium Authors: Su, H.N. / Wang, Q.M. / Li, C.Y. / Li, K. / Luo, W. / Chen, B. / Zhang, X.Y. / Qin, Q.L. / Zhou, B.C. / Chen, X.L. / Zhang, Y.Z. / Xie, B.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tou.cif.gz | 807 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tou.ent.gz | 679.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tou.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5tou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5tou | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ha7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17237.242 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Pseudanabaena sp. lw0831 (bacteria) / References: UniProt: V5NXI0 #2: Protein | Mass: 17872.266 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Pseudanabaena sp. lw0831 (bacteria) / References: UniProt: V5NZF0 #3: Chemical | ChemComp-CYC / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE (PH 5.0) AND 18%(W/V) PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K PH range: 5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 1, 2012 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.04→50 Å / Num. obs: 142799 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 7 % / Net I/σ(I): 32.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.11 Å / % possible all: 92.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1HA7 Resolution: 2.04→43.93 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 20.08
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Bsol: 32.4 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→43.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -18.6516 Å / Origin y: -16.3828 Å / Origin z: 40.6258 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |