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万見
- PDB-1jbo: The 1.45A Three-Dimensional Structure of c-Phycocyanin from the T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbo
タイトルThe 1.45A Three-Dimensional Structure of c-Phycocyanin from the Thermophylic Cyanobacterium Synechococcus elongatus
要素
  • C-Phycocyanin alpha chain
  • C-Phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Nield, J. / Rizkallah, P.J. / Barber, J. / Chayen, N.E.
引用ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2003
タイトル: The 1.45A three-dimensional structure of C-phycocyanin from the thermophilic cyanobacterium Synechococcus elongatus
著者: Nield, J. / Rizkallah, P.J. / Barber, J. / Chayen, N.E.
履歴
登録2002年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-Phycocyanin alpha chain
B: C-Phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4395
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,7663
水8,539474
1
A: C-Phycocyanin alpha chain
B: C-Phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,63630
ポリマ－214,04012
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area60270 Å2
ΔGint-507 kcal/mol
Surface area69500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)187.995, 187.995, 60.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-734-

HOH

21B-504-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the contents of the asymmetric unit by applying the operations: -y,x-y+1,z ; -x+y-1,-x,z ; y-1,x+1,-z ; x-y,-y+1,-z ; -x-1,-x+y,-z

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要素

#1: タンパク質 C-Phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-Phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: Ammonium Sulphate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.1 Mammonium sulfate1reservoir
240 mMMES1reservoirpH6.1
320 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.244 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月4日
放射モノクロメーター: Sagitally focused Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→56.7 Å / Num. obs: 71757 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 16.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 10410 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 95 Å / Num. measured all: 485268
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 10410 / Num. measured obs: 39957

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1CPC

1cpc


解像度: 1.45→56.7 Å / Isotropic thermal model: Mixed isotropic and anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: REFMAC5 4.1 / 詳細: Weighted diagonal matrix
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.188 3617 Random
Rwork0.146 --
all0.148 --
obs-67533 -
原子変位パラメータBiso mean: 16.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å2-1.31 Å21.97 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.0602 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→56.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 129 474 3101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.931
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d0.161
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d4.632
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 241 -
Rwork0.203 --
obs-4882 99.7 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 95 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg4.632
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg0.161
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.53 Å / % reflection Rfree: 241 % / Num. reflection Rwork: 4882

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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