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- PDB-1ha7: STRUCTURE OF A LIGHT-HARVESTING PHYCOBILIPROTEIN, C-PHYCOCYANIN F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ha7
タイトルSTRUCTURE OF A LIGHT-HARVESTING PHYCOBILIPROTEIN, C-PHYCOCYANIN FROM SPIRULINA PLATENSIS AT 2.2A RESOLUTION
要素
  • C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
  • C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CYANOBACTERIA / LIGHT-HARVESTING PROTEIN / PIGMENT PROTEIN / PHYCOCYANOBILIN / CHROMOPHORE
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種SPIRULINA PLATENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Padyana, A.K. / Rajashankar, K.R. / Ramakumar, S.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of a Light-Harvesting Protein C-Phycocyanin from Spirulina Platensis
著者: Padyana, A.K. / Bhat, V.B. / Madyastha, K.M. / Rajashankar, K.R. / Ramakumar, S.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of C-Phycocyanin from Cyanidium Caldarium Provides a New Perspective on Phycobilisome Assembly
著者: Stec, B. / Troxler, R.F. / Teeter, M.M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Isolation, Crystallization, Crystal Structure Analysis and Refinement of Constitutive C-Phycocyanin from the Chromatically Adapting Cyanobacterium Fremyella Diplosiphon at 1.66 Angstrom Resolution
著者: Duerring, M. / Schmidt, G.B. / Huber, R.
履歴
登録2001年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
B: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
C: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
D: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
E: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
F: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
G: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
H: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
I: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
J: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
K: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
L: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
M: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
N: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
O: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
P: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
Q: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
R: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
S: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
T: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
U: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
V: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
W: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
X: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,09060
ポリマ－428,89724
非ポリマー21,19336
水41,1282283
1
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
B: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
C: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
D: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
E: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
F: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
G: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
H: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
I: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
J: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
K: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
L: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,04530
ポリマ－214,44812
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
M: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
N: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
O: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
P: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
Q: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
R: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
S: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
T: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
U: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
V: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
W: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN
X: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,04530
ポリマ－214,44812
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.200, 115.400, 183.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細(ALPHA,BETA)*6-HEXAMER. THERE ARE TWO HEXAMERS WITH TWELVECHAINS EACH, IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT.THIS STRUCTURE CONTAINS 36 PHYCOCYANOBILIN CHROMOPHORESDISTRIBUTED IN TWO HEXAMERS WITH 18 EACH IN A HEXAMER. CHROMOPHORES ARE COVALENTLY ATTACHED BY THIOETHER BONDS TOCYSTEINE RESIDUES AT THREE POSITIONS IN A (ALPHA,BETA)-MONOMERAT ALPHA 84, BETA 84 AND BETA 155 POSITIONS RESPECTIVELY.SG ATOM OF CYSTEINE RESIDUE IS COVALENTLY BONDED TO CAC ATOMOF CYC (PHYCOCYANOBILIN CHROMOPHORE).

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要素

#1: タンパク質
C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN


分子量: 17618.820 Da / 分子数: 12 / 断片: ALPHA-CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPIRULINA PLATENSIS (バクテリア) / 細胞内の位置: STROMAL SURFACE, PHYCOBILISOME ROD / 参照: UniProt: P72509
#2: タンパク質
C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN


分子量: 18122.559 Da / 分子数: 12 / 断片: BETA-CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPIRULINA PLATENSIS (バクテリア) / 細胞内の位置: STROMAL SURFACE, PHYCOBILISOME ROD / 参照: UniProt: P72508
#3: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ALPHA CHAINS ARE NUMBERED 1 - 174 WITH A NUMBERING GAP. RESIDUES 143 AND 156 ARE CONSECUTIVE ...ALPHA CHAINS ARE NUMBERED 1 - 174 WITH A NUMBERING GAP. RESIDUES 143 AND 156 ARE CONSECUTIVE RESIDUES. BETA CHAINS ARE NUMBERED 1 - 174 WITH A NUMBERING GAP. RESIDUES 72 AND 75 ARE CONSECUTIVE RESIDUES. THE NUMBERING GAPS ARE INTRODUCED BASED ON STRUCTURAL SUPERPOSITION OF BETA CHAIN ON ALPHA CHAIN. THE GAPS IN RESPECTIVE CHAINS INDICATE THE PROBABLE INSERTION REGIONS IN THE TWO EVOLUTIONARILY RELATED CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 23% (W/V) PEG 6000, 10% (V/V) OF ETHANOL, 75 MM OF PHOSPHATE BUFFER (PH 6.8)
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 mg/mlprotein1drop
223 %(w/v)PEG60001reservoir
310 %(v/v)ethanol1reservoir
475 mMphosphate1reservoirpH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 223480 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 1177344
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 97.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CPC

1cpc


解像度: 2.2→22.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 212513.6 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2074 1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 208506 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.332493 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.15 Å20 Å2-3.12 Å2
2--10.3 Å20 Å2
3----7.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30024 0 1548 2283 33855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.912.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 323 1 %
Rwork0.255 30856 -
obs--83.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CYC_CNS.PARCYC_CNS.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.239
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.135
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.303 / Rfactor Rwork: 0.262 / Rfactor obs: 0.262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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