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万見
- PDB-1cpc: ISOLATION, CRYSTALLIZATION, CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS AND REFINE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cpc
タイトルISOLATION, CRYSTALLIZATION, CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS AND REFINEMENT OF CONSTITUTIVE C-PHYCOCYANIN FROM THE CHROMATICALLY ADAPTING CYANOBACTERIUM FREMYELLA DIPLOSIPHON AT 1.66 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
  • C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
キーワードLIGHT HARVESTING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin-1 beta subunit / C-phycocyanin-1 alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Fremyella diplosiphon (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Duerring, M. / Schmidt, G.B. / Huber, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Isolation, crystallization, crystal structure analysis and refinement of constitutive C-phycocyanin from the chromatically adapting cyanobacterium Fremyella diplosiphon at 1.66 A resolution.
著者: Duerring, M. / Schmidt, G.B. / Huber, R.
履歴
登録1990年10月11日処理サイト: BNL
改定 1.01993年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年4月10日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,91910
ポリマ－70,3874
非ポリマー3,5326
水4,378243
1
A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9605
ポリマ－35,1942
非ポリマー1,7663
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area14800 Å2
手法PISA
2
K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9605
ポリマ－35,1942
非ポリマー1,7663
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
3
A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,75830
ポリマ－211,16212
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area61450 Å2
ΔGint-537 kcal/mol
Surface area66930 Å2
手法PISA
4
A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
B: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,87915
ポリマ－105,5816
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area24680 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area39610 Å2
手法PISA
5
K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

K: C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
L: C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,87915
ポリマ－105,5816
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area24630 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area39460 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16460 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.260, 180.260, 61.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)


分子量: 17243.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fremyella diplosiphon (バクテリア)
属: Microchaete / 参照: UniProt: P07122
#2: タンパク質 C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)


分子量: 17950.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fremyella diplosiphon (バクテリア)
属: Microchaete / 参照: UniProt: P07119
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
211 %PEG1reservior
30.1 Mphosphate1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.66 Å / Num. obs: 70981 / Num. measured all: 176017 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.66 Å / 最低解像度: 1.75 Å / % possible obs: 29.1 %

-
解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.181 / 最高解像度: 1.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4933 0 258 243 5434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.33
ソフトウェア
*PLUS
名称: EREF / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_angle_d / Dev ideal: 2.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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