PDB-2vjt: The Structure of Allophycocyanin from Gloeobacter Violaceus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vjt

タイトル

The Structure of Allophycocyanin from Gloeobacter Violaceus

要素

ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
ALLOPHYCOCYANIN BETA SUBUNIT

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / LIGHT HARVESTING

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

GLOEOBACTER VIOLACEUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Murray, J.W. / Benson, S. / Nield, J. / Barber, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structures of the Phycobiliproteins of Gloeobacter Violaceus
著者: Murray, J.W. / Benson, S. / Nield, J. / Barber, J.

履歴

登録	2007年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vjt.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vjt.ent.gz	55.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vjt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vjt_validation.pdf.gz	522.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vjt_full_validation.pdf.gz	531.5 KB	表示
XML形式データ	2vjt_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	2vjt_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vjt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vjhC 2vjrC 2vmlC 1kn1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kn1-1 2bv8-d 6yx7-d 1f99-1 4h0m-2 2uun-2 2uun-1 5uvk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT

B: ALLOPHYCOCYANIN BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT

B: ALLOPHYCOCYANIN BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
216 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.712, 164.712, 64.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT 分子量: 17539.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PASTEUR CULTURE COLLECTION / 由来: (天然) GLOEOBACTER VIOLACEUS (バクテリア) / 株: PCC7421 / 参照: UniProt: Q7NL80
#2: タンパク質	ALLOPHYCOCYANIN BETA SUBUNIT 分子量: 17241.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PASTEUR CULTURE COLLECTION / 由来: (天然) GLOEOBACTER VIOLACEUS (バクテリア) / 株: PCC7421 / 参照: UniProt: Q7NL79
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 30% W/V PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9755
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.45 Å / Num. obs: 11694 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.98 % / B_iso Wilson estimate: 40.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 15.41
反射シェル	解像度: 2.5→2.52 Å / 冗長度: 7.07 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KN1

1kn1

解像度: 2.5→29.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 25.199 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.795 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	553	4.7 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.2	11691	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.199 Å²	-1.599 Å²	0 Å²
2-	-	-3.199 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.798 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2432	0	86	17	2535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.91	2.024	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.773	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.332	23.564	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.946	15	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.672	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.714	1.5	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.816	2	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.407	3	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.042	4.5	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 10.48→29.2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.268	9
R_work	0.152	155

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5497	-0.5956	-0.4104	1.9039	-0.0939	0.8829	0.0081	-0.2041	-0.2325	0.2188	-0.0129	-0.3691	0.0725	0.1885	0.0048	0.1608	0.021	-0.0126	0.1	-0.0125	0.0107	33.097	18.988	25.484
2	4.6437	-0.1694	-0.041	0.1621	-0.1614	0.2957	-0.1166	0.2869	-0.1387	-0.1007	0.0729	0.0424	0.0492	-0.0482	0.0436	0.1114	-0.0383	-0.0159	0.0878	0.0155	0.06	1.594	27.383	13.567

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1081
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1081

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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