PDB-2vjh: The structure of Phycoerythrin from Gloeobacter violaceus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vjh

タイトル

The structure of Phycoerythrin from Gloeobacter violaceus

要素

PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN
PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / LIGHT-HARVESTING

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

GLOEOBACTER VIOLACEUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Murray, J.W. / Benson, S. / Nield, J. / Barber, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structures of the Phycobiliproteins of Gloeobacter Violaceus
著者: Murray, J.W. / Benson, S. / Nield, J. / Barber, J.

履歴

登録	2007年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vjh.cif.gz	160.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vjh.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vjh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vjrC 2vjtC 2vmlC 1b8dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b13-d 1b8d-1 1lia-3 1eyx-2 5nb4-1 5nb4-2 5aqd-1 5fvb-2 5fvb-1 5aqd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

B: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

C: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

D: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

78.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

B: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

C: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

D: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

A: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

B: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

C: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

D: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

A: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

B: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

C: PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN

D: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
234 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.829, 155.829, 155.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 2000
2	1	1	5	C	1 - 2000
1	1	2	5	B	1 - 2000
2	1	2	5	D	1 - 2000

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.31072, -0.81428, 0.4903), (-0.81209, -0.49548, -0.30824), (0.49393, -0.30239, -0.81523)	-0.3324, 52.44204, 87.66493
2	given	(0.31269, -0.81089, 0.49466), (-0.81541, -0.49626, -0.29806), (0.48717, -0.31015, -0.81638)	-0.71009, 52.10359, 87.91267

#1: タンパク質	PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN 分子量: 17679.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PASTEUR CULTURE COLLECTION / 由来: (天然) GLOEOBACTER VIOLACEUS (バクテリア) / 株: PCC7421 / 参照: UniProt: Q7NLD7
#2: タンパク質	PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT 分子量: 18458.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PASTEUR CULTURE COLLECTION / 由来: (天然) GLOEOBACTER VIOLACEUS (バクテリア) / 株: PCC7421 / 参照: UniProt: Q7NLD6
#3: 化合物	ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN 分子量: 590.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂N₄O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 10% W/V PEG 8K, 0.33 M SODIUM CACODYLATE, 0.67 M MAGNESIUM CHLORIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.283
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→44.99 Å / Num. obs: 64149 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.06 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 19.53
反射シェル	解像度: 2.19→2.21 Å / 冗長度: 9.23 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4.28 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B8D

1b8d

解像度: 2.2→43.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.716 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	3239	5.1 %	RANDOM
R_work	0.153	-	-	-
obs	0.155	60801	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5054	0	430	632	6116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.328	2.063	7610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.183	3.003	8848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.058	5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.594	23.366	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.998	15	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.039	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.249	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.929	1.5	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.056	2	5346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.984	3	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.8	4.5	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	964	medium positional	0.08	0.5
2	B	1043	medium positional	0.08	0.5
1	A	1262	loose positional	0.38	5
2	B	1297	loose positional	0.25	5
1	A	964	medium thermal	0.38	2
2	B	1043	medium thermal	0.38	2
1	A	1262	loose thermal	1.17	10
2	B	1297	loose thermal	0.68	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.221	235
R_work	0.167	4408

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3683	-0.0839	-0.1848	0.6378	0.0635	0.4632	-0.0132	-0.0013	0.0173	0.0135	0.0177	0.0133	0.0484	0.0083	-0.0045	-0.1678	0.0333	0.0203	-0.1536	0.0296	-0.1351	-4.401	19.483	21.806
2	0.2805	-0.2798	-0.1564	1.2992	0.7246	0.5628	0.0364	-0.0388	-0.0152	-0.0413	0.0373	-0.1307	-0.0439	0.1208	-0.0737	-0.1084	-0.0029	0.026	-0.1053	-0.0276	-0.1018	1.716	49.991	39.518
3	0.3187	0.0413	-0.1131	1.1223	0.6931	1.1122	-0.0046	-0.0994	-0.0192	0.2104	0.0419	-0.0691	0.096	0.1297	-0.0373	-0.0493	0.0309	0.0043	-0.0605	0.0244	-0.108	-6.874	39.666	61.829
4	0.5878	0.1598	0.3114	0.7949	0.2155	0.8992	-0.0224	-0.1053	-0.0425	0.085	0.0192	0.0719	0.0854	-0.0853	0.0032	-0.0515	0.0173	0.044	-0.0853	0.0469	-0.0724	-21.165	14.124	40.971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1082 - 1139
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1050 - 1158
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1082 - 1139
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 177
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1050 - 1158

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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