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- PDB-5aqd: Crystal structure of Phormidium Phycoerythrin at pH 8.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aqd
タイトルCrystal structure of Phormidium Phycoerythrin at pH 8.5
要素(PHYCOERYTHRIN ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHYCOBILISOME PROTEIN / PHYCOERYTHRIN ALPHA CHAIN / PHYCOERYTHRIN BETA CHAIN / PEB CHROMOPHORE / PROTEIN-CHROMOPHORE LINKAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOERYTHROBILIN / Phycoerythrin Alpha subunit / Phycoerythrin Beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種PHORMIDIUM RUBIDUM A09DM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.121 Å
データ登録者Kumar, V. / Sharma, M. / Sonani, R.R. / Gupta, G.D. / Madamwar, D.
引用
ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure Analysis of C-Phycoerythrin from Marine Cyanobacterium Phormidium Sp. A09Dm.
著者: Kumar, V. / Sonani, R.R. / Sharma, M. / Gupta, G.D. / Madamwar, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect F / 年: 2015
タイトル: Phormidium Phycoerythrin Forms Hexamers in Crystals: A Crystallographic Study
著者: Sonani, R.R. / Sharma, M. / Gupta, G.D. / Kumar, V. / Madamwar, D.
履歴
登録2015年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
B: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
C: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
D: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
E: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
F: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
G: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
H: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
I: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
J: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
K: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
L: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
M: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
N: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
O: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
P: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
Q: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
R: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
S: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
T: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
U: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
V: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
W: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
X: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,528114
ポリマ－444,37224
非ポリマー38,15690
水66,8183709
1
A: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
B: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
C: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
D: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
E: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
F: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
M: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
N: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
O: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
P: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
Q: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
R: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,26457
ポリマ－222,18612
非ポリマー19,07845
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area76720 Å2
ΔGint-717.6 kcal/mol
Surface area69990 Å2
手法PISA
2
G: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
H: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
I: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
J: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
K: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
L: PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT
S: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
T: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
U: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
V: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
W: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
X: PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,26457
ポリマ－222,18612
非ポリマー19,07845
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area76910 Å2
ΔGint-716.3 kcal/mol
Surface area69590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.298, 108.360, 116.592
Angle α, β, γ (deg.)78.94, 82.50, 60.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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PHYCOERYTHRIN ... , 2種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質
PHYCOERYTHRIN ALPHA SUBUNIT


分子量: 17660.830 Da / 分子数: 12 / 断片: ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-164 / 由来タイプ: 天然
詳細: PROTEIN-CHROMOPHORE LINK BETWEEN CYS-82 AND PEB-166 PROTEIN-CHROMOPHORE LINK BETWEEN CYS-139 AND PEB-167
由来: (天然) PHORMIDIUM RUBIDUM A09DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0E3W010
#2: タンパク質
PHYCOERYTHRIN BETA SUBUNIT


分子量: 19370.189 Da / 分子数: 12 / 断片: BETA CHAIN, RESIDUES 1-184 / 由来タイプ: 天然
詳細: PROTEIN-CHROMOPHORE LINK BETWEEN CYS-80 AND PEB-186 PROTEIN-CHROMOPHORE LINK BETWEEN CYS-165 AND PEB-187 PROTEIN-CHROMOPHORE LINK BETWEEN CYS-48 AND PEB-188 PROTEIN-CHROMOPHORE LINK BETWEEN CYS-59 AND PEB-188
由来: (天然) PHORMIDIUM RUBIDUM A09DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0E4G455

-
非ポリマー , 4種, 3799分子

#3: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細FOR CHAINS A TO L THE PEPTIDE SEQUENCE DEDUCED FROM GENE SEQUENCE (GENBANK CEQ38274.3) CONSISTS OF ...FOR CHAINS A TO L THE PEPTIDE SEQUENCE DEDUCED FROM GENE SEQUENCE (GENBANK CEQ38274.3) CONSISTS OF RESIDUES 1-160. THE FOUR C- TERMINAL AMINO ACIDS WERE DEDUCED FROM CRYSTAL STRUCTURE FOR CHAINS M TO X THE PEPTIDE SEQUENCE DEDUCED FROM GENE SEQUENCE (GENBANK CEQ38275.1) CONSISTS OF 8-184 AMINO ACIDS. SEVEN N- TERMINAL AMINO ACIDS WERE DEDUCED FROM CRYSTAL STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED USING TRUNCATED MONOMER OF PDB ENTRY 2VJH. PROTEIN PHASES WERE ARRIVED AT USING 12-FOLD NCS-AVERAGING
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 9.2 MG/ML. 1.25 M AMMONIUM SULPHATE, 0.075M TRSIS-HCL (PH 8.5), 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月30日
放射モノクロメーター: SI (111) AND SI (220) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→29.29 Å / Num. obs: 245717 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 15.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.12→2.24 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VJH

2vjh


解像度: 2.121→29.291 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.04 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 21-27 OF M,N,O,P,Q,R,S,T, ,U,V,W,X CHAINS ARE DISORDERED DISORDERED REGIONS SHOW POOR ELECTRON DENISTY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 12521 5.1 %
Rwork0.175 --
obs0.1782 245652 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.121→29.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31032 0 2742 3709 37483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00834380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.13846728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.21112420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1209-2.1450.30373480.22117497X-RAY DIFFRACTION93
2.145-2.17020.2884080.20777849X-RAY DIFFRACTION96
2.1702-2.19670.28264140.19877698X-RAY DIFFRACTION96
2.1967-2.22450.27514310.19457731X-RAY DIFFRACTION96
2.2245-2.25370.27733800.19887684X-RAY DIFFRACTION94
2.2537-2.28460.27844400.19217693X-RAY DIFFRACTION95
2.2846-2.31720.26114490.1837768X-RAY DIFFRACTION96
2.3172-2.35180.27954210.19427791X-RAY DIFFRACTION96
2.3518-2.38850.2933980.19147709X-RAY DIFFRACTION96
2.3885-2.42770.26184370.18257815X-RAY DIFFRACTION96
2.4277-2.46950.283870.18357827X-RAY DIFFRACTION96
2.4695-2.51440.25374190.18167821X-RAY DIFFRACTION96
2.5144-2.56270.26643980.17767831X-RAY DIFFRACTION96
2.5627-2.6150.25553820.18297840X-RAY DIFFRACTION97
2.615-2.67180.29344100.19047761X-RAY DIFFRACTION96
2.6718-2.73390.26754350.1847811X-RAY DIFFRACTION97
2.7339-2.80230.2454020.1727876X-RAY DIFFRACTION96
2.8023-2.8780.25514540.18087773X-RAY DIFFRACTION97
2.878-2.96260.25655060.18297753X-RAY DIFFRACTION97
2.9626-3.05810.24174740.17117771X-RAY DIFFRACTION97
3.0581-3.16730.25054340.1737829X-RAY DIFFRACTION97
3.1673-3.29390.22794070.17077856X-RAY DIFFRACTION97
3.2939-3.44360.21683350.16947861X-RAY DIFFRACTION96
3.4436-3.62490.21653650.16047901X-RAY DIFFRACTION96
3.6249-3.85150.20173650.15197753X-RAY DIFFRACTION96
3.8515-4.14810.19884150.14927727X-RAY DIFFRACTION95
4.1481-4.56420.18484220.14597770X-RAY DIFFRACTION96
4.5642-5.22140.21464620.16047750X-RAY DIFFRACTION97
5.2214-6.56610.21014970.1827801X-RAY DIFFRACTION97
6.5661-29.29350.18954260.17727584X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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