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- PDB-1b8d: CRYSTAL STRUCTURE OF A PHYCOUROBILIN-CONTAINING PHYCOERYTHRIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PHYCOUROBILIN-CONTAINING PHYCOERYTHRIN
要素(PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LIGHT-HARVESTING COMPLEX / RED ALGAE / PHYCOBILIPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / R-phycoerythrin beta chain / R-phycoerythrin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Griffithsia monilis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ritter, S. / Hiller, R.G. / Wrench, P.M. / Welte, W. / Diederichs, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a phycourobilin-containing phycoerythrin at 1.90-A resolution.
著者: Ritter, S. / Hiller, R.G. / Wrench, P.M. / Welte, W. / Diederichs, K.
履歴
登録1999年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
B: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
K: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
L: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
G: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,94715
ポリマ－73,0565
非ポリマー5,89110
水5,999333
1
A: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
B: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
K: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
L: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
G: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN))
ヘテロ分子

A: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
B: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
K: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
L: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
G: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN))
ヘテロ分子

A: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
B: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
K: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
L: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
G: PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,84245
ポリマ－219,16915
非ポリマー17,67330
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.350, 187.350, 59.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.357729, -0.933826, 0.000306), (-0.933819, 0.357725, -0.003899), (0.003531, -0.001681, -0.999992)-0.0209, 0.0245, -0.2378
2given(-0.358491, -0.93352, 0.00494), (-0.933532, 0.358476, -0.003614), (0.001603, -0.005908, -0.999981)0.0247, 0.0075, -0.329

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要素

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PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN ... , 3種, 5分子 AKBLG

#1: タンパク質 PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))


分子量: 17687.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE PHYCOBILISOMES ARE LOCATED ON THE STROMAL SIDE OF THE THYLAKOID MEMBRANES.
由来: (天然) Griffithsia monilis (真核生物) / Organelle: RHODOPLAST / 参照: UniProt: O36005
#2: タンパク質 PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))


分子量: 18511.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE PHYCOBILISOMES ARE LOCATED ON THE STROMAL SIDE OF THE THYLAKOID MEMBRANES.
由来: (天然) Griffithsia monilis (真核生物) / Organelle: RHODOPLAST / 参照: UniProt: O36004
#3: タンパク質・ペプチド PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN))


分子量: 656.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia monilis (真核生物) / Organelle: RHODOPLAST

-
非ポリマー , 3種, 343分子

#4: 化合物
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#5: 化合物 ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 700MM SODIUM ACETATE,5MM KCL,100MM IMIDAZOLE, PH 7.5 AT 17C
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: .refer to Ritter, S., (1997) Protein Peptide Lett., 4, 69.

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→15 Å / Num. obs: 67598 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.82→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / % possible all: 92
反射
*PLUS
% possible obs: 96.8 % / Num. measured all: 131195
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / Num. unique obs: 15857 / Num. measured obs: 28679

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CPC

1cpc


解像度: 1.9→100 Å / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: INDIVIDUAL B-FAC REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 -10 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs-131195 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 0 460 999 7734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.896
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.698
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.738
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.210
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 2 / Weight position: 1

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11RESTRAINTS0.4540.4876
220.5180.4857
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.2723 -
Rwork0.2418 2807
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PHYCOASNTOPHCSDX.PHYCOASN
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg17.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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